Theo Kiểm toán Nhà nước, năm 2014, trong số các dự án ngành thuế làm chủ đầu tư, có Dự án trụ sở Cục Thuế TPHCM phải điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư 4 lần (từ 182 tỷ đồng lên 499 tỷ đồng, tăng 174%), do công tác khảo sát, lập và phê duyệt dự án đầu tư không tuân thủ quy định, không hợp lý dẫn đến phải điều chỉnh quy mô. Đồng thời, bản vẽ thiết kế kỹ thuật không thể hiện đầy đủ chi tiết, thiếu kích thước. Ngoài ra, dù dự án này chậm tiến độ 4 năm so với kế hoạch ban đầu, nhưng chủ đầu tư không phân tích rõ nguyên nhân để xử lý trách nhiệm của các bên liên quan.
Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ rõ, năm 2014, một số dự án thuộc ngành thuế lập quy hoạch không phù hợp thực tế dẫn đến phải điều chỉnh, như: Dự án đầu tư xây dựng trụ sở làm việc Chi cục Thuế Bàu Bàng và Chi cục Thuế Bắc Tân Uyên (Bình Dương), Chi cục Thuế Nậm Pồ (Điện Biên). Ngoài ra, một số dự án chưa thực hiện đăng tải đầy đủ thông tin mời thầu (Dự án trụ sở Cục Thuế tỉnh Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Đà Nẵng, Chi cục Thuế thành phố Ninh Bình). Tổng cục Thuế cũng chưa bố trí nguồn vốn để xử lý nợ đọng; chưa phản ánh đầy đủ giá trị quyền sử dụng đất trên báo cáo tài chính.
Về quản lý nợ thuế thuộc Tổng cục Thuế, số nợ thuế tăng liên tục qua các năm (năm 2011 trên 35 nghìn tỷ đồng, năm 2015 đã trên 75 nghìn tỷ đồng). Nguyên nhân tăng nợ thuế, theo Kiểm toán Nhà nước, qua kiểm toán tại 50 tỉnh thành cho thấy, ngoài các nguyên nhân khách quan như doanh nghiệp còn khó khăn, tình trạng chiếm dụng vốn giữa các doanh nghiệp… vẫn tồn tại hạn chế tại một số cục thuế các địa phương. Một số cục thuế thực hiện không triệt để các biện pháp cưỡng chế theo quy định (Đà Nẵng, Hưng Yên, Lai Châu...); công tác phân loại nợ thuế thiếu cơ sở, căn cứ và bằng chứng (Vĩnh Long, Gia Lai); 22/50 cục thuế địa phương tổng hợp chưa đầy đủ số liệu nợ đọng thuế…
