Tiền thân là đội Thanh niên Thanh Hóa thi đấu từ những năm 1962-1964, những năm sau này được mang tên Công an Thanh Hóa một thời thi đấu xuất sắc, đóng góp nhiều thế hệ cầu thủ ưu tú cho đội tuyển Bộ Công an thi đấu với các đội công an của các nước thuộc khối xã hội chủ nghĩa.
Nhiều cầu thủ được người hâm mộ biết tên, yêu mến như Nguyễn Ninh, Nguyễn Thanh, Tăng Ngọc Thái, Nguyễn Ngọc Xuất, Ngô Hoàng Hợi, Lê Mai Chúc, Mai Quốc Bình..., sánh vai cùng các đội bóng lớn như CAHN, Quảng Ninh, CAHP, Thể Công.
Năm 2000, để vực dậy nền bóng đá tỉnh nhà đang hồi sa sút, UBND tỉnh Thanh Hóa đã quyết định tổ chức, thành lập một đội bóng mới mang tên Đoàn bóng đá Thanh Hóa.
Ngay từ những ngày đầu thành lập, Đoàn BĐ Thanh Hóa đã nhận được sự ủng hộ giúp sức của công ty liên doanh IBD, dưới nhãn hiệu bia Halida, để chỉ trong mùa giải 2001-2002 từ giải hạng 2 thăng lên hạng Nhất.
Trong 2 mùa giải gần đây, đội luôn nằm trong tốp đầu của giải hạng Nhất. Năm nay, với quyết tâm thăng hạng chuyên nghiệp, ngoài việc đầu tư cho cầu thủ nội, đội cũng quyết định chiêu mộ cầu thủ ngoại về đầu quân.
Với quyết định ghép tên Halida vào tên đội bóng, Halida Thanh Hóa có thêm 1,5 tỷ đồng đầu tư cho mục tiêu thăng hạng và sau mỗi năm, dựa trên thành tích của đội bóng, nhà tài trợ sẽ đưa ra những quyết định đầu tư thích đáng cho sự phát triển của bóng đá Thanh Hóa.
