Năm 2016, Trường mở 6 chương trình đào tạo thạc sĩ đầu tiên thuộc các lĩnh vực công nghệ kỹ thuật cao và khoa học liên ngành là Công nghệ Nano, Kỹ thuật Môi trường, Kỹ thuật Hạ tầng, Khu vực học, Chính sách Công và Quản trị Kinh doanh.
Với mục tiêu đào tạo tập trung vào chất lượng, học viên khóa I (2016 – 2018) trường đã tuyển được 72 học viên. Trong đó, 65 học viên xuất sắc được xét duyệt cấp học, khoảng 95% học viên đã trúng tuyển đạt trình độ tốt nghiệp ĐH loại khá giỏi trở lên, trong đó số học viên tốt nghiệp loại giỏi và xuất sắc chiếm 50%; khả năng ngoại ngữ tối thiểu B2 (tương đương IELTS 5.0 – 5.5 trở lên); có định hướng rõ ràng về lĩnh vực nghiên cứu, phát triển nghề nghiệp và khả năng đóng góp cho xã hội.
Trong những năm tới, Trường xem xét tiếp tục mở các chương trình đào tạo mà Nhật Bản có thế mạnh và theo nhu cầu thực tiễn, trong đó các chương trình đang được nghiên cứu nhu cầu thực tiễn gồm: Biến đổi Khí hậu và Phát triển; Khoa học Thủy sản; và Khoa học Chính trị và Lãnh đạo. Các chương trình đào tạo tại Trường đều có triết lý xuyên suốt là phát triển bền vững.
Trường cũng dự định sẽ đào tạo cử nhân từ năm 2019-2020. Đồng thời, năm 2020, chương trình đào tạo tiến sĩ của Trường cũng được đưa vào vận hành.
Trường Đại học Việt Nhật - trường đại học thành viên thứ 7 thuộc ĐHQGHN, được Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thành lập vào ngày 21/7/2014. Trường với mục tiêu sớm trở thành một trường đại học đẳng cấp quốc tế, được kỳ vọng sẽ tạo động lực mới cho phát triển kinh tế - xã hội Việt Nam, góp phần gia tăng giá trị đầu tư của doanh nghiệp Nhật Bản tại Việt Nam. Trường cũng hứa hẹn trở thành trung tâm giao lưu văn hóa, học thuật và là biểu tượng cho mối quan hệ hợp tác tốt đẹp giữa hai nước Việt Nam - Nhật Bản.
