Sứ mệnh của Viện Trần Nhân Tông là tiên phong, nòng cốt trong nghiên cứu, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, bảo tồn và phát huy các giá trị truyền thống văn hóa, tư tưởng và bản sắc dân tộc, di sản tinh thần Trần Nhân Tông văn hóa đời Trần và văn hóa truyền thống nói chung; là trung tâm giao lưu, tập hợp nhà nghiên cứu về Trần Nhân Tông trên khắp thế giới để phát triển bền vững.
Việc thành lập Viện Trần Nhân Tông có một ý nghĩa quan trọng đối với hoạt động học thuật nói chung và đối với công tác đào tạo, nghiên cứu Phật giáo nói riêng, có ý nghĩa quốc gia và quốc tế. Viện có nhiều đặc thù, lấy đối tượng nghiên cứu là văn hóa truyền thống và điểm nhấn là lịch sử và văn hóa đời Trần, đặc biệt là nhân vật Trần Nhân Tông và Phật giáo Trúc Lâm. Đối tượng nghiên cứu liên ngành cần có sự đầu tư cần thiết cả về nhân lực và điều kiện để tổ chức nghiên cứu qui mô và tổ chức đào tạo.
ĐHQGHN cũng chuẩn bị cho những nghiên cứu sâu về Phật học và thiền phái Trúc Lâm, đồng thời xây dựng Bộ cơ sở dữ liệu cũng như những kế hoạch nghiên cứu lâu dài.
Đặc biệt những chuẩn bị về nguồn nhân lực để triển khai các hoạt động Viện gồm đội ngũ các nhà khoa học đến từ ĐHQGHN cùng các đơn vị trong và ngoài nước, có cả những nhà tu hành được đào tạo bài bản ở nước ngoài cùng tham gia. Dự kiến khóa đào tạo Tiến sĩ Phật học đầu tiên của Việt Nam sẽ tuyển sinh vào tháng 09/2017.
Phát biểu tại buổi lễ, ông Nguyễn Kim Sơn khẳng định Trần Nhân Tông là tên gọi, là một danh nhân, nhưng cũng đã là một tinh thần, một giá trị. ĐHQGHN thành lập viện mang tên ông, với mong muốn làm sống động lại và phát huy một tinh thần.
Tinh thần của đề cao trí tuệ, của hoàn thiện con người, khai mở những năng lực không giới hạn của trí tuệ và ý chí tu dưỡng rèn luyện tuyệt vời của con người, là sự kết hợp của tình yêu thương và hòa hợp, của hòa bình hữu nghị, là sự kết hợp giữ tinh thần dân tộc và tinh thần bác ái nhân văn, sự đề cao tự do của con người đạt tớibằng giải thoát trí tuệ và sự bình đẳng của tất thảy chúng sinh.
