Tháng 12/1944, Hạm đội 3 của Mỹ gồm 8 thiết giáp hạm, 7 tàu sân bay hạng nặng, 6 tàu sân bay hạng nhẹ, 15 tàu tuần dương và gần 50 tàu khu trục trở về vùng biển ngoài khơi Philippines sau các cuộc tấn công vào lực lượng phát xít Nhật. Tại đây, một cơn bão lớn mang tên Cobra đã suýt quét sạch cả hạm đội được coi là một trong những lực lượng hải quân mạnh nhất Thái Bình Dương khi đó, theo War History.
Những trận gió có tốc độ hơn 160 km/h trong bão Cobra đã khiến các tàu chiến trong hạm đội bị nghiêng tới 70 độ. Sau hành trình dài, 3 tàu khu trục USS Maddox, USS Hickox và USS Spence đã gần hết nhiên liệu, khiến chúng nhẹ và kém ổn định hơn trong điều kiện biển động. Một số chiếc khác như USS Monaghan và USS Hull vừa trải qua đại tu với hơn 500 tấn vũ khí và trang bị, khiến phần thân trên nặng hơn và gây nhiều khó khăn cho thủy thủ trong cơn bão.
Các tàu USS Hull, USS Monaghan và USS Spence bị sóng lớn đánh chìm không lâu sau khi bão tràn vào. USS Maddox và USS Hickox buộc phải bơm nước biển vào các khoang nhiên liệu để tăng độ ổn định, nhờ đó chúng mới thoát khỏi cơn bão một cách an toàn.
Gần như mọi tàu chiến trong Hạm đội 3 đều chịu thiệt hại, chủ yếu là ở hệ thống vô tuyến và radar, khiến quá trình liên lạc trong hạm đội bị gián đoạn. Tổng cộng có 146 máy bay trên các tàu sân bay bị phá hủy hoàn toàn hoặc bị thổi bay xuống biển. 9 tàu chiến bị hư hỏng nặng tới mức phải ngừng chiến đấu để về cảng sửa chữa.
Trên 3 tàu bị chìm, 788 thủy thủ thiệt mạng, chỉ có 93 người được cứu sống. Sức tàn phá của cơn bão lớn đến mức Đô đốc Chester Nimitz tuyên bố bão Cobra đã gây nhiều thiệt hại cho Hạm đội 3 hơn bất kỳ trận đánh nào trong Thế chiến II. Ủy ban điều tra của hải quân Mỹ kết luận Đô đốc William Halsey Jr., tư lệnh Hạm đội 3, đã mắc sai lầm khi ra lệnh cho các tàu đi thẳng vào cơn bão.
Helsey buộc phải chuyển quyền chỉ huy Hạm đội 3 cho Đô đốc Spruance vào tháng 1/1945 và nó được đổi tên thành Hạm đội 5. Spruance nắm quyền cho tới tháng 5/1945, sau đó Halsey trở lại vị trí tư lệnh hạm đội này.
Tới tháng 6/1945, Đô đốc Halsey tiếp tục mắc sai lầm khi ra lệnh cho hạm đội của mình đi thẳng vào bão Connie, khiến nhiều tàu bị hư hại, 6 thủy thủ thiệt mạng và 75 máy bay bị phá hủy hoàn toàn, trong khi 70 tiêm kích bị hỏng nặng.
