Theo đó, việc ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế phải đúng thẩm quyền, đúng trình tự, thủ tục; đảm bảo đúng thể thức, kỹ thuật trình bày, dẫn chứng rõ ràng các căn cứ xử phạt; không xử phạt đối với những hành vi vi phạm đã quá thời hiệu xử phạt.
Trường hợp để quá thời gian xử phạt, phải xác định rõ trách nhiệm cán bộ, công chức để xử lý. Đồng thời, các cơ quan thuế giải quyết khiếu nại, tố cáo phải đảm bảo chính xác, khách quan, kịp thời, đúng thẩm quyền, trình tự, thủ tục.
Với việc xử lý các quyết định xử phạt vi phạm hành chính thuế bị tòa án tuyên hủy xử phạt, thì chỉ truy thu, truy hoàn, tính tiền thuế chậm nộp…
Theo Tổng cục Thuế, thời gian qua có tình trạng một số cục thuế ban hành quyết định hành chính chưa bảo đảm về trình tự, thủ tục, thẩm quyền; chưa cung cấp đầy đủ tài liệu chứng minh việc xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, dẫn đến quyết định hành chính thuế bị Tòa tuyên hủy.
