Từ tố cáo của thủ quỹ Hội VHNTBT, UBND tỉnh Bình Thuận chỉ đạo thanh tra, đến ngày 22/6/2015 có kết luận, nội dung tố cáo đối với ông Nguyễn Chí Khanh là đúng, chuyển toàn bộ hồ sơ sang PC46. Những vấn đề mà ông Nguyễn Chí Khanh có trách nhiệm liên quan là: Để kế toán Nguyễn Thị D. (đã chết) lập 10 chứng từ khống lấy 90 triệu đồng; kê khống tiền xe công tác, nhà nghỉ trong 33 chuyến đi thực tế sáng tác với số tiền hơn 343 triệu đồng; lập chứng từ khống sử dụng xe cơ quan đi công tác với số tiền gần 7,7 triệu đồng; quyết toán sai chế độ công tác hơn 5,7 triệu đồng cho ông Khanh; để kế toán Nguyễn Thị D. mượn quỹ hơn 266 triệu đồng…
Cuối tháng 12/2015, PC46 khởi tố vụ án “Cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế” xảy ra tại Hội VHNTBT. Ngày 22/1/2016, trong cuộc họp Ban chấp hành Hội VHNTBT, có 9/10 ủy viên Ban chấp hành (trừ ông Khanh) biểu quyết đề nghị ông Khanh nghỉ làm Chủ tịch Hội, nhưng sau đó ông vẫn tại vị.
