Năm 1999, dự án trên tiếp tục được đo đạc lần thứ hai, ngày 26/10/2001 Thứ trưởng Bộ NN và PTNT Phạm Hồng Giang ký QĐ phê duyệt dự án đầu tư hồ chứa nước khe Là nằm trên địa bàn xã Phú Sơn, tổng mức đầu tư gần 20 tỷ đồng, Bộ làm chủ đầu tư.
Ngày 21/10/2004, Bộ NN&PTNT có quyết định điều chỉnh chủ đầu tư dự án hồ chứa nước Khe Là. Tiếp đó, ngày 29/12/2005, Bộ NN&PTNT quyết định phê duyệt dự án đầu tư Công trình thuỷ lợi Khe Là-Khe Đá.
Sau đó, sát nhập dự án xây dựng mới hồ Khe Là và dự án sữa chữa, nâng cấp hồ Khe Đá (huyện Nghĩa Đàn, giáp Tân Kỳ) thành dự án đầu tư Công trình thuỷ lợi Khe Là-Khe Đá với tổng mức đầu tư gần 50 tỷ đồng. Nhưng đến nay dự án vẫn nằm trên giấy.
Ông Tăng Văn Canh - GĐ Ban quản lý đầu tư và xây dựng chuyên ngành NN&PTNT Nghệ An cho biết: Trong Quyết định 3638 Bộ NN&PTNT ghi “Sau khi địa phương hoàn thành giải phóng mặt bằng, Bộ mới tiếp tục rót vốn. Thế nhưng, đến nay, Hội đồng giải phóng mặt bằng đã được thành lập nhưng nguồn vốn chưa có nên chưa thể triển khai dự án được.
Theo quy định, dân tái định cư vùng lòng hồ phải di chuyển 60 hộ thuộc 2 xóm là xóm Quyết Thắng và xóm Bắc Sơn (xóm Quyết Thắng dãn dân đến vùng Phi Mục; xóm Bắc Sơn đến vùng Diếp Cá). Năm 1999 UBND xã Phú Sơn đã ra thông báo: Toàn bộ những hộ diện phải di dời, nằm trong lòng hồ không được xây dựng, kiến thiết nhà cửa, sản xuất không được trồng cây lâu niên.
Đã mấy năm trôi qua, dự án vẫn “án binh bất động”. Trong khi đó, cơ sở hạ tầng đã xuống cấp nhưng và nhiều căn nhà đã hư hỏng, nhưng dân không dám sửa vì “sợ phạm luật”.
