Theo Trung tâm chống ngập, từ tháng 8/2012 đến nay, tại hai gói thầu thuộc hạng mục thoát nước thải (gói thầu 7 và 7A) xảy ra 59 khiếm khuyết, sự cố và đã khắc phục 56 khiếm khuyết, sự cố. Trong đó hệ thống CSO có 24 khiếm khuyết, đã khắc phục được 23 và khiếm khuyết còn lại đang xử lý. Tuyến cống đào hở và hố ga có 12 khiếm khuyết, đã khắc phục 11 và đang xử lý khiếm khuyết còn lại. Riêng Shaft chính và shaft phụ có 6 khiếm khuyết và đã khắc phục được 5 khiếm khuyết.
Dự án vệ sinh môi trường TPHCM (lưu vực Nhiêu Lộc-Thị Nghè) có tổng mức đầu tư dự án giai đoạn 1 gần 8.600 tỷ đồng, trong đó vốn ODA của Ngân hàng Thế giới là 293,9 triệu USD (tương đương 5.252 tỷ đồng) và vốn đối ứng ngân sách là 3.348 tỷ đồng. Sau gần 10 năm triển khai dự án, công trình giai đoạn 1 đã thi công được hơn 9 km tuyến cống bao có đường kính từ 2,5 đến 3m cùng với 36 giếng chính và 59 thiết bị tách dòng để thu nước dọc kênh, 1 trạm bơm có lược rác với công suất 64.000 m3/giờ. Công trình cũng đã lắp đặt gần 16km bờ kè đứng bằng cừ bản bê tông dự ứng lực và nạo vét gần 1,1 triệu m3 đất, gia cố 16 cây cầu dọc tuyến kênh…
