Theo đó, ngay sau khi nhận được thông tin về vụ tử vong này, Sở Y tế TP Hà Nội đã yêu cầu Bệnh viện đa khoa Quốc Oai chỉ đạo kíp trực viết bản tường trình cũng như họp Hội đồng chuyên môn để xác định rõ nguyên nhân tử vong.
Hội đồng chuyên môn của bệnh viện đã họp và thống nhất chẩn đoán bệnh nhi Nguyễn Ngọc Em tử vong do suy hô hấp sơ sinh chưa rõ nguyên nhân.
Sở Y tế đã liên hệ làm việc với Bệnh viện Nhi T.Ư tìm hiểu về nguyên nhân tử vong của bệnh nhi này. Theo nhận định ban đầu, nguyên nhân tử vong của bệnh nhi do nhiễm khuẩn huyết, suy đa tạng.
Trước đó, sản phụ Ngô Thị Kim Cương (mẹ bé Nguyễn Ngọc Em) nhập viện 7 giờ 45 phút ngày 5/9 với lý do thai 41 tuần đau bụng chuyển dạ. Đến trưa ngày 5/9, sản phụ đẻ thường bé trai nặng 3,8 kg. Đến 18 giờ ngày 5/9, khi khám, trẻ sơ sinh tỉnh, khóc to, da hồng, bú được.
Nhưng đến hơn 1 giờ sáng ngày 6/9, trẻ bú kém, khóc rên, da tái, môi nhợt, tim nhịp đều, phổi rì rào phế nang kém, bé được xử trí cấp cứu hút đờm rãi, thở oxy, tiên lượng nặng.
Bệnh viện đa khoa Quốc Oai quyết định chuyển bệnh nhi đến Bệnh viện Đa khoa Saint Paul. Trên đường đi, tình trạng suy hô hấp của cháu bé có phần nặng hơn nên hai cán bộ y tế đi cùng quyết định chuyển cháu vào Bệnh viện Nhi T.Ư.
Chiều 7/9, xe cứu thương chở cháu bé đã tử vong về Bệnh viện Quốc Oai. Sau đó, gia đình đã đưa thi hài cháu bé lên đặt tại phòng khách của bệnh viện và chất vấn yêu cầu trả lời nguyên nhân tử vong của cháu.
Bệnh viện có yêu cầu mang thi hài cháu bé xuống nhà tang lễ và giải quyết theo đúng trình tự của pháp luật nhưng gia đình không đồng ý và tiếp tục gây sức ép, gây mất trật tự an ninh.
Sau khoảng 4 giờ đồng hồ Ban Giám đốc Bệnh viện cùng lãnh đạo công an huyện, lãnh đạo xã Hòa Thạch cùng giải quyết, gia đình đã đưa thi hài cháu về mai táng. Trước khi về, gia đình có ký biên bản xin không mổ tử thi.
Sáng 9/9, Bộ Y tế đã có Công văn khẩn số 6718/BYT-BM-TE gửi Sở Y tế Hà Nội yêu cầu báo cáo trường hợp này và đề nghị Sở Y tế Hà Nội khẩn trương xác minh thông tin nêu trên. Kết quả giải quyết báo cáo về Bộ Y tế trước ngày 15/9.
