Những đoạn sông bị ô nhiễm tiêu biểu như: sông Hậu đoạn Hội An - Chợ Mới cao gấp 9 lần, sông Tiền thuộc địa phận Long Xuyên cao gấp 16 lần....
Nguyên nhân chính do toàn tỉnh An Giang còn hơn 12.000 hộ cất nhà trên sông và đổ rác thải xuống các sông rạch. Bên cạnh đó là tình trạng nuôi thả cá trên bè với 3.280 bè, tăng 186 bè so cùng kỳ năm ngoái. Mô hình nuôi cá đăng quầng hiện có diện tích cao gấp đôi so cùng kỳ năm ngoái và đang có chiều hướng gia tăng mạnh. Các sông rạch còn phải tiếp nhận chất thải của 12 nhà máy chế biến thủy sản đông lạnh, trong đó mới có 7 nhà máy có hệ thống xử lý chất thải (dù chưa đáp ứng tiêu chuẩn môi trường qui định).
Để khắc phục tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông rạch trầm trọng hiện nay, Sở Tài nguyên - Môi trường đang tăng cường kiểm tra các làng bè, hướng dẫn phương pháp xử lý chất thải, nguồn nước nuôi, buộc 100% bè lắp đặt cầu vệ sinh tự hoại.
Đi đôi với kiểm tra, Sở Tài nguyên Môi trường còn phối hợp với đoàn thể trực tiếp đến từng hộ gia đình tuyên truyền cho người dân ý thức vệ sinh bảo vệ môi trường, coi đây là tiêu chuẩn xét công nhận Gia đình, khóm ấp văn hóa...
