Với tuyến đường sắt Cát Linh - Hà Đông, Bộ GTVT cho biết, dự án chậm có cả nguyên nhân chủ quan và khách quan. Về chủ quan, do thiết kế cơ sở ban đầu sơ sài, chưa lường hết công năng nên phải điều chỉnh, bổ sung; chờ giải ngân vốn vay kéo dài; Tổng thầu EPC (Tập đoàn Cục 6 Đường sắt Trung Quốc) thiếu kinh nghiệm làm tổng thầu, kinh nghiệm thiết kế, chưa thực hiện theo đúng cam kết về tiến độ, nhưng chế tài xử lý chưa đầy đủ.
Nguyên nhân khách quan được chỉ ra là: Chậm giải phóng mặt bằng; Quy định giữa Việt Nam và Trung Quốc khác nhau; Quy định hợp đồng EPC của Việt Nam chưa đầy đủ; Sự kiện Trung Quốc hạ đặt giàn khoan HD981 trong thềm lục địa của Việt Nam đầu tháng 5/2014 ảnh hưởng trực tiếp đến việc thực hiện dự án (mất hơn 1 năm)...
Về trách nhiệm, bên cạnh chỉ ra trách nhiệm của tổng thầu, Bộ GTVT cũng nhận trách nhiệm về mình; chỉ ra thêm trách nhiệm của tư vấn thiết kế, tư vấn giám sát, UBND Hà Nội (chậm giải phóng mặt bằng).
Đặc biệt, theo Bộ GTVT, có một số nội dung tổng thầu không thực hiện theo chỉ đạo của bộ; do đó, đã có văn bản báo cáo Thủ tướng, các cơ quan liên quan hỗ trợ chỉ đạo xử lý. Ban Quản lý dự án Đường sắt đã được yêu cầu rà soát hợp đồng EPC để xử lý trách nhiệm các bên, giải quyết các khiếu kiện trong trường hợp cần thiết.
Với Dự án xây dựng Tổ hợp ga Ngọc Hồi (tuyến đường sắt đô thị Yên Viên - Ngọc Hồi), theo Bộ GTVT, dự án chậm do Tư vấn Nhật Bản JTC bị điều tra hồi năm 2014. Do đó, tiến độ được xin lùi tới năm 2024. Hiện dự án đã giải ngân 800 tỷ đồng và giải phóng được 99ha/158,7 ha dự án.
