Theo Bộ Công an, quá trình điều tra vụ án xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc TPHCM - Trung Lương, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can, tạm giam ông Đinh La Thăng (hiện đang chấp hành án phạt tù trong vụ án khác) cùng 3 bị can về tội “Vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí”, theo Điều 219 Bộ luật Hình sự 2015.
Ba bị can còn lại, gồm: Ông Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT kiêm Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương; Nguyễn Chí Thành, nguyên Vụ phó Vụ Tài chính Bộ GTVT, Ủy viên hội đồng bán đấu giá và Lê Trung Cường, Chuyên viên Vụ Tài chính Bộ GTVT, thành viên Tổ Thường trực giúp việc hội đồng bán đấu giá.
Liên quan vụ án, tháng 10/2019, Cơ quan điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can, bắt tạm giam và tam giam 9 người về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”.
Trong số này có Đinh Ngọc Hệ (tức Út trọc), nguyên Chủ tịch HĐQT, nguyên Tổng giám đốc Công ty Cổ phần Phát triển đầu tư Thái Sơn Bộ Q.P và Vũ Thị Hoan (cháu gái Út trọc), Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh bị khởi tố, tạm giam về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015.
Trước đó, CQĐT đã bắt khẩn cấp và khám xét nơi ở cùng nơi làm việc đối với Ngô Bá Thắng, Giám đốc Chi nhánh Long An thuộc Công ty Yên Khánh và 4 cá nhân khác để điều tra về hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật nhằm che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc TPHCM - Trung Lương. Qua khám xét, công an thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử.
Theo tìm hiểu, tuyến cao tốc này dài 62 km, được đầu tư gần 10.000 tỷ đồng và đi vào hoạt động năm 2010. Đầu năm 2014, Công ty Yên Khánh trúng đấu giá hơn 2.000 tỷ đồng, thời gian thu đến cuối năm 2018.
Tháng 9/2019, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc ký quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng. Trước đó, ông Nguyễn Hồng Trường cũng đã bị Ban Bí thư kỷ luật bằng hình thức cách chức ủy viên Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016, 2016 - 2021
