Theo đại diện VKS trong vụ án này, ông Đinh La Thăng với vai trò Bộ trưởng Bộ GTVT, đã ký văn bản gửi Thủ tướng đề nghị tiếp nhận lại đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc và tiếp tục tìm kiếm đối tác bán quyền thu phí để thu hồi vốn. Khi được Thủ tướng đồng ý giao cho Bộ GTVT thực hiện việc bán quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương, do có quan hệ quen biết với Đinh Ngọc Hệ (cựu Tổng giám đốc Tổng công ty Thái Sơn) nên ông Thăng đã điện thoại cho Dương Tuấn Minh (Tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) giới thiệu để công ty của Hệ mua quyền thu phí. Việc bán đấu giá quyền thu phí thực hiện không đúng quy định của pháp luật, Công ty Yên Khánh (do ông Hệ sáng lập và làm chủ) đã trúng quyền thu phí. Về phía Bộ GTVT, ông Nguyễn Hồng Trường, Thứ trưởng được giao trực tiếp chỉ đạo chuyển giao dự án.
Đại diện VKS cho rằng sai phạm của ông Thăng và các bị cáo khiến Nhà nước thiệt hại 725 tỷ đồng; đủ cơ sở đề nghị HĐXX tuyên tất cả 20 bị cáo có tội và đề nghị tuyên phạt ông Đinh La Thăng từ 10 - 11 năm tù, Nguyễn Hồng Trường 6 - 7 năm tù, Dương Tuấn Minh 5 - 6 năm tù, Dương Thị Trâm Anh (cựu Phó tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) 5 - 6 năm tù, Nguyễn Chí Thành (cựu quyền Vụ trưởng Vụ Tài chính Bộ GTVT) 3 - 4 năm tù, Lê Trung Cường (cựu chuyên viên Vụ Tài chính Bộ GTVT) 3 - 4 năm tù, Nguyễn Thị Thu Trang (cựu phó phòng Đầu tư và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long) 3 - 4 năm tù, Đinh Ngọc Hệ 13-14 năm tù - cùng tội danh “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Nhóm tội danh “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, VKS đề nghị tuyên ông Đinh Ngọc Hệ chung thân, Phạm Văn Diệt (cựu Tổng giám đốc Công ty Đức Bình) 11 - 12 năm tù, Tô Phước Hùng (cựu Kế toán trưởng Công ty Yên Khánh) 11 - 12 năm tù, Vũ Thị Hoan (cựu Giám đốc Công ty Yên Khánh) 7 - 8 năm tù, Phạm Tấn Hoàng (cựu phó Phòng kế toán Công ty Yên Khánh) 6 -7 năm tù, Trần Văn Miền (cựu Phó giám đốc Công ty Yên Khánh) 8 - 9 năm tù, Nguyễn Thị Kim Huệ (cựu Kế toán Công ty Yên Khánh) 6 - 7 năm tù, Ngô Bá Thắng (cựu Giám đốc Công ty Yên Khánh) 6 - 7 năm tù, Nguyễn Xuân Hiền (cựu Giám đốc Công ty Xuân Phi) 6 -7 năm tù, Hoàng Tô Hạnh Vân (cựu Phó giám đốc Công ty Xuân Phi) 4 - 5 năm tù, Đinh Thị Chung (cựu Kế toán Công ty Yên Khánh) 2 - 3 năm tù, Tạ Đức Minh (cựu Thủ quỹ Công ty Yên Khánh) 2 - 3 năm tù và Lê Thị Những (cựu nhân viên Công ty Đức Bình) 2 - 3 năm tù. VKS cũng đề nghị ông Hệ phải bồi thường 725 tỷ cho Bộ GTVT và 3 tỷ đồng cho Công ty Licogi 13.
Tự bào chữa, ông Đinh La Thăng bác toàn bộ cáo trạng và cho rằng cáo trạng quy buộc ông không có căn cứ, không đúng luật và vô cảm. Ông Thăng phủ nhận mình tác động những người liên quan trong dự án. Về nội dung VKS cáo buộc là người có vai trò chính trong vụ án, ông Thăng cho rằng chỉ ký 1 văn bản trình Thủ tướng; tháng 10/2013 ký thành lập Hội đồng bán đấu giá, bút phê chuyển thứ trưởng (lúc đó là ông Nguyễn Văn Thể - PV). Ông không được biết hợp đồng có nội dung ra sao.
Về số tiền 725 tỷ đồng, theo ông Thăng, số tiền này là trốn doanh thu, trốn thuế thì điều chỉnh theo quy định thuế. Về thiệt hại vụ án, ông Thăng nói chính Bộ GTVT được xác định là bị hại, nhưng tại phiên tòa này không yêu cầu bồi thường thiệt hại gì. Ông Thăng mong “HĐXX đối xử với tôi như những người bình thường khác”.
