Cuộc thi dành cho tất cả HS tiểu học và THCS trong toàn quốc có điều kiện truy cập Internet. Thí sinh muốn dự thi phải truy cập vào trang web www.violympic.vn và đăng ký làm thành viên của trang web (với tên đăng nhập và mật khẩu riêng). HS đang học lớp nào thì chỉ được thi ở khối lớp đó. Thiết kế của trang web gồm từ 25 – 35 vòng thi/ năm học.
Riêng năm học 2008 – 2009 có 25 vòng thi. Mỗi vòng có 3 bài thi (đều có quy định về thời gian), HS làm bài nào trước cũng được. Trả lời được tối thiểu 75% số điểm ở mỗi vòng, HS mới có thể tham gia vào vòng tiếp theo. HS nào chưa vượt qua vòng thi thì có thể “chơi” lại cho đến khi vượt qua. HS có thể tham gia bất kỳ lúc nào, miễn là vượt qua được tất cả các vòng thi hiện có trên trang web.
Điểm thi và thời gian làm bài của mỗi vòng thi được thông báo sau khi HS hoàn thành vòng thi. Tổng điểm và tổng thời gian làm bài thi của các vòng thi đã vượt qua là hai chỉ số để xếp thứ hạng của HS trên trang web ViOlympic.vn. Mỗi tuần, Ban tổ chức kỳ thi cấp quốc gia đều công bố 10 em điểm cao nhất của từng khối lớp ở cấp quốc gia và cấp tỉnh.
Theo ông Lê Tiến Thành, Vụ trưởng Vụ GD Tiểu học (Bộ GD&ĐT), dù thí sinh và bất kỳ thí sinh nào thích cũng có thể tham gia. Tuy nhiên, Bộ GD&ĐT đã chỉ đạo các Sở GD&ĐT triển khai thành lập Ban tổ chức kỳ thi các cấp tỉnh, huyện, trường. Kỳ thi cấp quốc gia được tổ chức cho 63 tỉnh, thành phố; mỗi tỉnh thành phố là một đơn vị dự thi. Đội tuyển mỗi tỉnh tối thiểu 10 HS. Giải quốc gia gồm 63 huy chương vàng/ khối lớp cho các cá nhân, 7 huy chương vàng cho các Sở GD&ĐT.
Khoảng 10 năm nay Bộ GD&ĐT bỏ kỳ thi học sinh giỏi cấp quốc gia dành cho HS tiểu học và THCS. Do đó, có ý kiến cho rằng cuộc thi này giống như sự quay trở lại của kỳ thi học sinh giỏi quốc gia của các cấp tiểu học, THCS.
