Thông qua kiểm toán, KTNN đã phát hiện một số khoản chi không đúng nội dung, mục tiêu, không đúng chế độ Nhà nước quy định số tiền 34.552 triệu đồng.
Trong đó sai nội dung mục tiêu của Chương trình 26.984 triệu đồng; bố trí vốn hoàn trả chương trình 500 triệu đồng, giảm cấp phát 166 triệu đồng, kinh phí hết nhiệm vụ chi là 3.474 triệu đồng và quyết toán khi công việc chưa hoàn thành: 2.781 triệu đồng; thiết bị của một số dự án mua về nhưng chưa sử dụng do đầu tư không đồng bộ...
KTNN đã kiến nghị các tỉnh, bộ, ngành được kiểm toán thu hồi nộp ngân sách nhà nước (NSNN) kinh phí năm 2006 không còn nhiệm vụ chi số tiền hơn 24,4 tỷ đồng; thu hồi nộp NSNN các khoản chi sai chế độ Nhà nước quy định với số tiền hơn 2,7 tỷ đồng; bố trí kinh phí hoàn trả cho các dự án của chương trình với số tiền 500 triệu đồng.
KTNN kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo tổ chức xác định rõ nguyên nhân, trách nhiệm cá nhân, đơn vị trong việc hướng dẫn đơn giá xây dựng dự toán thiết bị dạy học lớp 5, lớp 10, dẫn tới việc dự toán Dự án đổi mới chương trình, nội dung sách giáo khoa và tài liệu giảng dạy lớn hơn nhiều so với nhu cầu kinh phí thực hiện dự án (bình quân mỗi tỉnh được kiểm toán kinh phí dư 4.395 triệu đồng).
