Trong đó, có một số vấn đề mà dư luận xã hội quan tâm. Đó là chuyển từ trường ĐH tư thục sang ĐH tư thục phi lợi nhuận. Để trở thành trường ĐH hoạt động không vì lợi nhuận, các trường phải có văn bản cam kết của các nhà đầu tư đại diện ít nhất 75% tổng số vốn góp đối với trường đại học tư thục chuyển sang cơ sở giáo dục đại học hoạt động không vì lợi nhuận, bảo đảm thực hiện hoạt động không vì lợi nhuận, không rút vốn, không hưởng lợi tức;
Phần lợi nhuận tích lũy hằng năm thuộc sở hữu chung hợp nhất không phân chia để tiếp tục đầu tư phát triển cơ sở giáo dục đại học tư thục. Đây chính là điểm mấu chốt mà từ trước đến nay các trường ĐH tư thục chưa giải quyết được để chuyển sang phi lợi nhuận.
Nội dung thứ hai mà dự thảo Nghị định đưa ra được dư luận quan tâm đó là trường ĐH nghiên cứu. Tại dự thảo Nghị định, Bộ GD&ĐT đã có những quy định rất rõ về vấn đề này. Theo đó, Bộ yêu cầu tỷ lệ chương trình đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ không dưới 50% tổng số chương trình đào tạo cấp bằng; quy mô người học trình độ thạc sĩ, tiến sĩ không ít hơn 25% tổng quy mô đào tạo và cấp tối thiểu 20 bằng tiến sỹ/năm;
Tỷ trọng nguồn thu từ các hoạt động khoa học, công nghệ, đổi mới, sáng tạo, nghiên cứu, chuyển giao không thấp hơn 25% tổng thu của cơ sở giáo dục đại học.
Công bố tối thiểu 100 bài báo ISI/Scopus/năm trong toàn cơ sở giáo dục đại học và đạt tỷ lệ trung bình 0,3 bài/năm/giảng viên trong 3 năm gần nhất.
Tỷ lệ sinh viên trên giảng viên không quá 20; tỷ lệ giảng viên cơ hữu có trình độ tiến sĩ không thấp hơn 50% tổng số giảng viên cơ hữu của cơ sở giáo dục đại học.
