Theo đó, Học viện Nông nghiệp Việt Nam được thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm các nội dung sau: về đào tạo và nghiên cứu khoa học; về tổ chức bộ máy và nhân sự; về tài chính; về chính sách học bổng, học phí; về đầu tư, mua sắm; và về cơ chế giám sát,…
Về tài chính , đối với chương trình đại trà, trình độ ĐH, chính quy, mức thu tối đa học phí năm học 2014-2015 là 12 triệu đồng/năm/sinh viên. Năm học 2015-2016 mức thu tối đa là 13 triệu đồng/năm học/sinh viên.
Năm học 2016-2017 mức thu này tối đa là 14 triệu đồng/năm học/sinh viên. Tuy nhiên, đối với ngành nông, lâm, ngư, mức thu tối đa đối với sinh viên chưa bằng 50% so với sinh viên ngành khác.
Cụ thể, học phí tương ứng so với các năm lần lượt là 5,5 triệu đồng/năm học/sinh viên, 6,4 triệu đồng/năm học/sinh viên và 7,3 triệu đồng/năm học/sinh viên.
Theo quyết định này, Học viện tính toán và công khai mức thu học phí cụ thể cho từng nhóm ngành, chuyên ngành, chương trình đào tạo trước khi tuyển sinh, đảm bảo mức thu học phí bình quân không vượt quá mức thu học phí bình quân đối đa của Học viện.
Học viện quyết định mức trần học phí đối với trình độ đào tạo tiến sĩ bằng 2,5 lần; thạc sĩ bằng 1,5 làn; cao đẳng bằng 0,8 lần; trung cấp bằng 0,7 lần mức học phí bình quân tối đa trên; học phí đào tạo theo phương thức giáo dục thường xuyên không vượt quá 1,5 lần mức học phí chính quy cùng cấp học và cùng nhóm ngành nghề đào tạo.
Học viện quyết định mức thu học phí đối với các chương trình đặc thù theo đề án mở chương trình được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.
