Theo đó, UBND TPHCM yêu cầu Ban giám hiệu Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch báo cáo đề án tuyển sinh và phương án tài chính năm học 2017 - 2018 cho Ban Cán sự Đảng UBND thành phố trước khi khai giảng năm học mới đảm bảo việc tuyển sinh, dạy đúng quy định, đạt hiệu quả cao nhất.
Trường phải khẩn trương xây dựng đề án tuyển sinh năm 2018 - 2019 phù hợp với mục tiêu, nhiệm vụ của trường, chú trọng nhiệm vụ đào tạo cán bộ y tế cho thành phố.
Nếu muốn mở rộng đối tượng tuyển sinh trong phạm vi cả nước, trường cần chuẩn bị kỹ đề án này (trong đó có phương án tự chủ tài chính, nâng cao năng lực, chất lượng đội ngũ giảng viên, cơ sở vật chất của trường...) báo cáo cho Ban Cán sự Đảng uỷ UBND xem xét trước khi đăng ký với Bộ GD&ĐT.
UBND TPHCM yêu cầu Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch phân tích, đánh giá khách quan, tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân đối với việc đề án tuyển sinh năm 2017 được trình Bộ GD&ĐT và công bố rộng rãi khi chưa báo cáo và chưa được sự đồng ý của UBND TPHCM. Thời hạn báo cáo trước ngày 10/7.
Trước đó, ngày 8/6, Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch có thông báo chỉ tuyển thí sinh có hộ khẩu TPHCM thay cho thông báo tuyển sinh cả nước mà trường đã báo cáo về Bộ GD&ĐT hồi tháng 3/2017, dẫn đến việc hơn 12.000 thí sinh ngoài TPHCM sẽ phải thay đổi nguyện vọng.
Ngay sau đó, Bộ GD&ĐT đã có công văn gửi Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch yêu cầu trường này tuyển sinh cả nước theo đúng thông tin đã đăng ký với Bộ GD&ĐT (tức là tuyển sinh cả nước). Sự việc đã khiến hàng ngàn thí sinh có nguyện vọng đăng ký vào Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch hoang mang, lo lắng.
Đến ngày 11/6, Thường trực Thành uỷ và Thường trực UBND TPHCM đã họp, thống nhất cho phép Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch mở rộng phạm vi tuyển sinh cả nước ngay trong năm học 2017-2018.
