Đây là 1 trong 6 dự án BOT, BT trong lĩnh vực giao thông vừa bị Thanh tra Chính phủ điểm mặt hàng loạt sai phạm lên đến hơn 2.100 tỷ đồng tại TPHCM.
Các dự án này gồm: Cầu Phú Mỹ; đường kết nối cầu Phú Mỹ; cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A (đoạn An Sương – An Lạc); xa lộ Hà Nội; cầu Bình Triệu 2; đường nối từ đường Nguyễn Duy Trinh vào khu công nghiệp Phú Hữu.
Theo kết luận thanh tra, hầu hết các dự án BOT, BT nêu trên đều chậm tiến độ, từ đó dẫn đến giảm doanh thu, tăng chi phí, lãng phí vốn đầu tư. Do đó Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ, ngành và TP.HCM xử lý khoản tiền sai phạm theo kết quả thanh tra là 2.172 tỷ đồng.
Dự án được đầu tư với quy mô công trình giao thông cấp 1, mô hình cầu dây văng chiều dài cầu chính là 2.034m, rộng 27,5m. Thời gian xây dựng từ tháng 2/2007 – tháng 8/2009. Thời gian thu phí hoàn vốn là 26 năm. 
Khi dự án hoàn thành năm 2009 nhưng đến cuối năm 2012, Công ty CP đầu tư xây dựng Phú Mỹ mới có văn bản trình UBND TPHCM phê duyệt chi phí đầu tư.
Đến tháng 2/2014, UBND TPHCM phê duyệt chi phí đầu tư dự án này hơn 2.914 tỷ đồng, tăng gần 1000 tỷ đồng so với ban đầu.
Công ty CP đầu tư xây dựng Phú Mỹ cũng không căn cứ vào quy mô công trình để lập quy trình bảo trì, duy tu bảo dưỡng… gửi đến cơ quan nhà nước có thẩm quyền. 
Qua thanh tra, nhà đầu tư gửi hồ sơ đề xuất còn thiếu một số nội dung như phương án huy động vốn, chưa đủ giấy tờ cam kết của ngân hàng hoặc nhà cấp vốn khác để thực hiện dự án. 
Tuy nhiên, UBND TPHCM lại thiếu trách nhiệm xem xét tính đầy đủ của hồ sơ. 
Ngoài ra, tại dự án BT xây dựng đường kết nối vào cầu Phú Mỹ, từ tổng mức đầu tư ban đầu là 1.440 tỷ đồng do bị chậm trễ tiến độ đã đội giá lên gần 3.199 tỷ đồng. 
Qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ xác định nhiều khoản chi phí xây dựng cho nhà đầu tư đề nghị không đúng quy định với giá trị hơn 489 tỷ đồng. 
