Đáng chú ý, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đã chỉ ra những sai phạm trong quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công năm 2017, như: Chưa ưu tiên lập đủ vốn cho 27 dự án đã hoàn thành đưa vào sử dụng trước 31/12/2016, dẫn đến trong năm phải phê duyệt bổ sung gần 36 tỷ đồng, trong đó có 6 dự án được phê duyệt quyết toán trước năm 2015 với số vốn còn nợ 2,7 tỷ đồng; lập chưa phù hợp với nhu cầu, vượt tổng mức đầu tư của 1 dự án; vượt giá trị quyết toán đã duyệt và quyết toán A-B của 30 dự án với số tiền gần 28,3 tỷ đồng.
Công tác phân bổ vốn đầu tư từ nguồn ngân sách nhà nước (NSNN) của Bộ Tài chính cho Tổng cục Thuế còn chậm; tỷ lệ giải ngân vốn XDCB đạt thấp, hầu hết các chủ đầu tư không giải ngân hết kế hoạch, cá biệt có 26 chủ đầu tư giải ngân vốn dư năm 2016 dưới 50% và 7 chủ đầu tư giải ngân vốn năm 2017 dưới 50%; nhiều dự án, công trình giải ngân thấp, thậm chí có 89 dự án không giải ngân; 19/30 dự án bố trí vốn thừa so với giá trị quyết toán nhưng vẫn kéo dài sang năm 2018 số tiền gần 12,7 tỷ đồng; 28/32 dự án phê duyệt mới và 7/26 dự án phê duyệt điều chỉnh có thời gian thực hiện và tổng mức đầu tư chưa phù hợp với quy hoạch.
Kết quả kiểm toán chi tiết 20 dự án cho thấy hầu hết các dự án, nội dung thuyết minh đầu tư và quyết định đầu tư chưa đầy đủ; 4 dự án phê duyệt hình thức quản lý dự án “Chủ đầu tư trực tiếp quản lý dự án” khi Giám đốc Ban quản lý dự án không đủ điều kiện năng lực quản lý dự án; một số chủ đầu tư chưa đăng tải đầy đủ thông tin về kết quả lựa chọn nhà thầu, kế hoạch đấu thầu chưa đầy đủ về thời gian, tiến độ thực hiện, phê duyệt hình thức chỉ định thầu không đúng…; 9 dự án chậm tiến độ so với quyết định đầu tư, phải gia hạn; hầu hết các gói thầu đều chậm so với cam kết hợp đồng song các bên có liên quan chưa xác định rõ nguyên nhân và trách nhiệm để xử lý theo quy định.
Một số quỹ còn tồn từ nhiều năm trước như quỹ chống buôn lậu, gian lận thương mại, quỹ chống thất thu NSNN và một số quỹ khác đơn vị không sử dụng, không còn nội dung chi số tiền 44,5 tỷ đồng song chưa kịp thời nộp NSNN; một số nhiệm vụ chi sửa chữa, mua sắm tài sản theo kế hoạch năm 2017 đã hết nhiệm vụ chi và không thuộc nội dung được tiết kiệm thường xuyên theo quy định, đơn vị chưa kịp thời đề nghị hủy dự toán số tiền trên 12,3 tỷ đồng.
Trong công tác quản lý, sử dụng tài sản, Tổng cục Thuế chưa có phương án xử lý kịp thời đối với tài sản dôi dư hoặc hỏng không sử dụng được. Công nợ cuối năm còn tồn đọng nhiều, có những khoản nợ kéo dài nhiều năm… chưa được giải quyết triệt để.
Báo cáo kiểm toán cũng chỉ rõ một số trường hợp hoàn cho một số trường hợp không đúng đối tượng, không đáp ứng đủ điều kiện, hoàn cho những hóa đơn, chứng từ không hợp lệ, hoàn cho chi phí vượt định mức quy định hoặc không phục vụ cho dự án đầu tư; hoàn cho một số hồ sơ đề nghị hoàn khi chưa đủ cơ sở để xác nhận điều kiện hoàn thuế; hoàn cho dự án BT không hình thành tài sản của nhà đầu tư; hoàn vượt 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ... với tổng số tiền trên 1.396 tỷ đồng.
Trên cơ sở kết quả kiểm toán được phát hiện, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính trên 171 tỷ đồng; Tổng cục Thuế thực hiện kiểm tra, rà soát và chỉ đạo các Cục thuế kiểm tra, rà soát việc hoàn thuế cho các dự án đầu tư khi chưa chấp hành đầy đủ trình tự pháp luật về đầu tư để hoặc chưa đủ cơ sở để xác nhận điều kiện hoàn thuế để xử lý theo đúng quy định của pháp luật trên 886 tỷ đồng, báo cáo kết quả thực hiện về Kiểm toán nhà nước…
