Theo kết luận Thanh tra năm 2015, Cty mẹ PVN đầu tư dài hạn vào 30 công ty với số tiền 182 nghìn tỷ đồng, trong đó 23 DN có lãi; lợi nhuận trước thuế là 22.654 nghìn tỷ đồng. Riêng 7 công ty lỗ trong năm 2015 (lợi nhuận trước thuế âm) chủ yếu do trong giai đoạn đầu tư và lỗ do hoạt động sản xuất kinh doanh gặp khó khăn.
Trong 13 doanh nghiệp lỗ lũy kế 13,8 nghìn tỷ đồng (đến 31/12/2015), có 6 DN đang trong giai đoạn đầu tư. Một số công ty lỗ lũy kế do tác động mạnh của thị trường trong những năm trước và đã không còn lỗ lũy kế trong năm 2016. DN còn lại kinh doanh có lãi số tiền hơn 34 ngàn tỷ đồng.
Sai phạm trong điều chỉnh tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp do giảm trừ chi phí không được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp về trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi tại công ty mẹ PVN.
Kết luận thanh tra yêu cầu tập đoàn điều chỉnh dự toán do lập, thẩm định chưa đúng tại Ban quản lý dự án (QLDA) Điện lực Dầu khí Sông Hậu 1 số tiền 308 tỷ đồng (việc xác định không đúng dự toán trên của các hạng mục chưa triển khai thi công cho đến thời điểm thanh tra, chưa thanh quyết toán); PVN khẳng định sẽ thực hiện đúng khi thanh quyết toán với tổng thầu.
Đối với tổng dự toán Ban QLDA Điện lực Dầu khí Long Phú 1 đang được Viện Kinh tế - Bộ Xây dựng thẩm tra (chưa phê duyệt), tại Kết luận thanh tra lưu ý tập đoàn giảm trừ 260.422.619.185 đồng khi phê duyệt dự toán. Hiện nay, công tác lập tổng mức đầu tư điều chỉnh đang được tư vấn lập/thẩm tra hiệu chỉnh lại. Ban QLDA ghi nhận ý kiến nhận xét của Thanh tra Bộ Tài chính và đã có văn bản chỉ đạo đơn vị chuyên môn điều chỉnh đúng quy định hiện hành.
Hiện, các đơn vị được thanh tra đã tích cực thực hiện và cơ bản hoàn thành thực hiện kết luận, kiến nghị tại Kết luận thanh tra của Bộ Tài chính (ban hành ngày 25/8/2016).
