Trước đó, kế toán trưởng của đơn vị này là Ngô Thị Vân và Phó Giám đốc Đào Quang Tuyên cũng bị khởi tố do cố ý làm trái các quy định của nhà nước trong quản lý kinh tế.
Trong quá trình điều tra vụ án kinh tế liên quan đến Dự án phát triển vùng nguyên liệu sắn phục vụ Nhà máy chế biến tinh bột sắn Cao Bằng (triển khai vào thời điểm cuối năm 2003 và đầu năm 2004), cơ quan cảnh sát điều tra phát hiện Hồ Huy Thông sinh ngày 14/9/1961 (có hộ khẩu thường trú tại 50B ngõ Trúc Lạc, Trúc Bạch, Ba Đình, Hà Nội), Giám đốc Ban quản lý Dự án Nhà máy tinh bột sắn Cao Bằng đã liên hệ với Ngô Thị Vân và Đào Quang Tuyên (khi đó còn là trưởng phòng thanh toán vốn) để rút nguồn vốn hỗ trợ vùng nguyên liệu sắn từ ngân sách với tổng số tiền 1,5 tỷ đồng.
Mặc dù các thủ tục thanh toán vốn chưa đầy đủ theo quy định nhưng vào ngày 10/1/2004 và 1/3/2004, ông Phương Tiến Châu cùng bà Đàm Thị Tâm vẫn 2 lần ký duyệt tạm ứng và rút vốn, mỗi lần 750 triệu đồng. Qua trình điều tra cho thấy, hầu hết số tiền này, Hồ Huy Thông đã sử dụng cho mục đích cá nhân...
Việc chi ngân sách trái quy định của lãnh đạo Kho bạc Nhà nước tỉnh Cao Bằng đã gây thất thoát nguồn ngân sách Nhà nước, vi phạm nghiêm trọng các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế. Ngay sau khi bị cơ quan cảnh sát điều tra khởi tố ngày 24/2/2006 tên Hồ Huy Thông đã bỏ trốn vào thành phố Hồ Chí Minh, sau đó bị truy nã và bắt tại Hà Nội ngày 6/6/2006.
Mở rộng điều tra vụ án, cơ quan cảnh sát điều tra còn khởi tố thêm Lưu Văn Khá, Giám đốc Công ty TNHH cơ điện lạnh Tiến Thành - chủ đầu tư Dự án nhà máy tinh bột sắn Cao Bằng và Tiêu Đức Phước (Doanh nghiệp tư nhân Tiêu Đức Phước tỉnh Tây Ninh) về tội lưu hành giấy tờ có giá giả, tiếp tay cho Hồ Huy Thông chiếm đoạt ngân sách Nhà nước.
