Vụ án được khởi tố cuối năm 2012. Trước đó, ngày 30/11/2011, Chủ tịch HĐQT kiêm GĐ Cty Phương Nam, ông Lâm Ngọc Khuân cùng vợ là bà Trần Thị Mỹ đã xuất cảnh đi Mỹ chữa bệnh và “bỏ trốn ở lại Mỹ”. Còn bà Lâm Ngọc Hân (con gái ông Khuân) thay ông Khuân làm GĐ Cty Phương Nam sau đó, nhưng nay cũng đã bỏ đi.
Cty Phương Nam đăng ký kinh doanh lần đầu vào ngày 8/1/1998, chuyên chế biến tôm xuất khẩu. Sau thời gian làm ăn có hiệu quả, từ năm 2007, vay nhiều tiền mở rộng đầu tư thì lỗ lớn. Theo kết luận điều tra, năm 2007 đã nợ 793 tỷ đồng, số nợ liên tục tăng hàng năm, đến ngày ông Khuân bỏ đi, số nợ tăng lên hơn 1.679 tỷ đồng. Và đến ngày 31/10/2012, tổng nợ vay các ngân hàng hơn 1.752 tỷ đồng.
Từ năm 2007, Cty Phương Nam liên tục lỗ lớn, riêng năm 2010 và 2011, lỗ mỗi năm hơn 322 tỷ đồng. Tổng cộng lỗ đến hết năm 2012, theo giám định tài chính của Sở Tài chính tỉnh Sóc Trăng là hơn 996 tỷ đồng. Thế nhưng, Cty Phương Nam vẫn vay được của 8 ngân hàng số tiền rất lớn là vì lãnh đạo Cty Phương Nam câu kết báo cáo tài chính khống và kê khống kho hàng. Theo điều tra, họ đã lập 19 báo cáo tài chính khống, cho rằng hàng năm đều có lãi hàng chục tỷ đồng để vay tiền. Kho hàng tôm đông lạnh giá trị chỉ 123 tỷ đồng, sau này bán được 41 tỷ, nhưng được lập báo cáo khống nâng lên thành hơn 747 tỷ đồng để thế chấp vay tiền.
Kết luận điều tra, tổng số tiền Cty Phương Nam vay ngân hàng hơn 16.000 tỷ đồng. Trong đó, chỉ hơn 6.265 tỷ đồng sử dụng đúng mục đích cho sản xuất kinh doanh, dùng trả nợ ngân hàng hơn 9.594 tỷ, đem kinh doanh sai mục đích hơn 195 tỷ, còn lại sử dụng cá nhân. Số tiền rất lớn đưa vào kinh doanh thua lỗ nên tổng thiệt hại gây ra hơn 1.072 tỷ đồng. Sau khi vụ án được khởi tố, hội đồng định giá tài sản đã đánh giá tài sản của Cty Phương Nam chỉ có hơn 639 tỷ đồng. Kết luận điều tra cho rằng, số tiền lừa đảo chiếm đoạt là hơn 470 tỷ đồng.
Mất tiền lớn trong vụ án có 8 ngân hàng ở tỉnh Sóc Trăng, Bạc Liêu và Hậu Giang. Đó là Ngân hàng Phát triển VN, TMCP Ngoại thương, Ngân hàng NN&PTNT, Ngân hàng TMCP Bưu điện Liên Việt, TMCP Sài Gòn Thương Tín, TMCP An Bình, TMCP Công thương, Liên doanh Việt Thái.
Kết luận điều tra đề nghị truy tố 2 cán bộ của Cty Phương Nam về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản, 25 cán bộ của các ngân hàng tội vi phạm các quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng. Riêng ông Lâm Ngọc Khuân và bà Lâm Ngọc Hân “là người chịu trách nhiệm chính về hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản” nhưng đang truy nã quốc tế, nên tạm đình chỉ điều tra bị can, khi nào bắt được “sẽ phục hồi điều tra để xử lý sau”.
