Trước đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã kết thúc điều tra vụ án, đề nghị truy tố bảy bị can về các tội tham ô, cố ý làm trái, thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, trong đó có ông Phùng Hiền (tức Phùng Thanh Sơn, nguyên Tổng biên tập báo NCT, nguyên Phó Chủ tịch Hội NCT Việt Nam); ông Trần Ngọc Đức và bà Nguyễn Thị Thanh Thúy (hai cựu Phó Tổng biên tập báo NCT).
Theo kết luận điều tra, bà Nguyễn Thị Thanh Thúy, với sự giúp sức của kế toán và thủ quỹ báo NCT, đã lập chứng từ giả để chiếm đoạt khoảng 345 triệu đồng. Trong vụ việc này, ông Phùng Hiền được xác định thiếu trách nhiệm kiểm tra khi ký các chứng từ giả.
Ngoài ra, ông Hiền và ông Đức còn bị xác định buông lỏng quản lý, để một số cán bộ Cty Cổ phần Tư vấn Công nghệ Thiết bị và Kiểm định Xây dựng (Coninco) bỏ qua việc thẩm định máy móc thiết bị, khảo sát giá cả, gây thiệt hại hơn 600 triệu đồng trong dự án nâng cấp, cải tạo trụ sở báo NCT.