Cuối năm 2006, sau loạt công văn “cãi nhau” giữa Chi cục Thuế quận Ninh Kiều, Cục Thuế TP Cần Thơ lôi kéo nhiều cơ quan ở TP Cần Thơ vào cuộc, cuối cùng kết luận DNTN Vạn Thọ không phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế GTGT (Tiền phong đã thông tin).
Ngày 15/3/2007, Tổng cục Thuế có Công văn số 1050 do Phó Tổng cục trưởng Phạm Văn Huyến ký, chỉ đạo thêm: Cục Thuế TP Cần Thơ phối hợp với Sở Y tế TP Cần Thơ kiểm tra.
Nếu DNTN Vạn Thọ hoạt động chữa bệnh theo đúng quy định của ngành y tế thì không phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế GTGT. Cục Thuế và Sở Y tế TP Cần Thơ phối hợp kiểm tra. Ngày 3/5, Cục Thuế TP Cần Thơ có Công văn số 675: “Dịch vụ xông hơi, xoa bóp, day ấn huyệt của DNTN Vạn Thọ không phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt, không chịu thuế GTGT do đáp ứng đủ quy định của Luật Doanh nghiệp và điều kiện hành nghề dịch vụ trên theo quy định của Bộ Y tế”.
Thế nhưng ngày 10/5, Phó Tổng cục trưởng Phạm Duy Khương lại có Công văn số 1796: “DNTN Vạn Thọ phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế GTGT”.
DNTN Vạn Thọ khiếu nại. Ngày 7/12/2007, Phó Tổng cục trưởng Phạm Duy Khương ký Công văn số 5097 trả lời DNTN Vạn Thọ. Sau khi trích dẫn nhiều điều khoản của các thông tư, pháp lệnh…, Công văn viết: “Đề nghị DNTN Vạn Thọ bổ sung giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề y, dược tư nhân được cơ quan có thẩm quyền cấp. Khi đó họat động dịch vụ của DNTN Vạn Thọ không thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và GTGT”.
Chủ DNTN Vạn Thọ kêu trời vì trong hồ sơ gửi Tổng Cục Thuế đã có “Giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề y dược tư nhân” do Sở Y tế TP cần Thơ cấp cho DNTN Vạn Thọ ngày 26/1/2007 và có giá trị đến ngày 26/1/2012.
