Kết luận điều tra nêu rõ, Nguyễn Thành Long làm giả hồ sơ để vay vốn tại một ngân hàng có chi nhánh tại quận Hoàn Kiếm, qua đó chiếm đoạt nhiều tỷ đồng của ngân hàng này. Cụ thể, dựa vào một nghiên cứu công nghệ có tác dụng dùng làm phương tiện trung gian thanh toán các dịch vụ mà học sinh đã sử dụng tại nhà trường và để kiểm soát các hành vi khác của học sinh như đến trường lúc nào, ra khỏi cổng trường lúc nào, làm gì ở trường...
Tháng 8/2014, Trần Thị Ngọc Mai (vợ Long), Chủ tịch HĐQT Công ty CP Giáo dục và Khoa học UNET (Công ty khoa học UNET) và Công ty CP Tập đoàn UNET xin UBND tỉnh Đồng Nai triển khai Đề án thu phí học sinh - School Cash Card (gọi tắt là SCC) và được chấp thuận.
Đến tháng 10/2015, bà Mai ký 2 văn bản đề xuất UBND tỉnh Đồng Nai về việc triển khai Dự án nước uống tinh khiết học đường, thuộc Đề án thẻ SCC nhưng chưa được đồng ý. Tuy nhiên, bà Mai vẫn ký quyết định giao cho Công ty Media Lotus làm chủ đầu tư, sau đó giao dịch với một ngân hàng có chi nhánh tại quận Hoàn Kiếm để vay vốn thực hiện.
Để chuẩn bị cho việc vay vốn ngân hàng được thành công, trước đó (khoảng tháng 6-8/2015), Mai đã chỉ đạo nhân viên đi giao dịch và ký hợp đồng thỏa thuận hợp tác 3 bên giữa Công ty khoa học UNET, Công ty Media Lotus và 57 hiệu trưởng các trường học tại TP Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai với nội dung “khảo sát để tiến tới có thể lắp đặt hệ thống nước uống tinh khiết và mạng lưới đường ống dẫn nước uống ngay tại vòi”. Sau đó, Mai sử dụng trang cuối của 57 hợp đồng thỏa thuận có chữ ký của các hiệu trưởng và con dấu của các trường học để lập thành 57 hợp đồng mua bán hàng hóa giả mạo, có nội dung: “Bên C (các trường học) đồng ý cho Bên A (công ty khoa học UNET) và Bên B (công ty Media Lotus) đi khảo sát, thiết kế và lắp đặt để bên C triển khai bán nước cho các phụ huynh có con theo học tại trường.
Từ ngày 21/8-8/9/2015, Nguyễn Thành Long đã sử dụng các tài liệu giả mạo nêu trên để ký 2 hợp đồng tín dụng, 2 hợp đồng thế chấp với một chi nhánh ngân hàng tại quận Hoàn Kiếm, để vay 26,7 tỷ đồng. Chi nhánh ngân hàng này sau đó đã giải ngân gần 8,6 tỷ đồng.
