Ngày 15/3/2007, Công an tỉnh Hà Tĩnh đã ra quyết định khởi tố vụ án: “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại xã Phù Lưu, huyện Lộc Hà” và khởi tố 5 bị can cùng tội danh, gồm:
Phan Văn Huỳnh (SN1965), Chủ tịch UBND xã Phù Lưu; Phạm Văn Bản (SN 1968), Bí thư Đảng ủy kiêm Chủ tịch HĐND xã Phù Lưu; Đặng Danh Ty (SN1952) nguyên Bí thư Đảng ủy xã Phù Lưu; Đặng Văn Tuấn (SN 1977), Kế toán ngân sách xã Phù Lưu; Đặng Việt Hùng, Phó Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Tĩnh.
Cuối năm 2004, một người tên là Lê Hoài Nam đại diện Cty TNHH Việt Anh có chương trình dự án nuôi tôm ở huyện Kỳ Anh, Hà Tĩnh là bạn của Đặng Việt Hùng biết Đại sứ quán Australia và Hà Lan đang có chương trình tài trợ không hoàn lại cho các xã nghèo thuộc vùng duyên hải miền Trung Việt Nam, giai đoạn 2000-2007 xây dựng cơ sở hạ tầng xóa đói giảm nghèo.
Nam sẽ giúp Hùng liên hệ xin viện trợ. Hùng đã thông tin lại cho cán bộ chủ chốt xã Phù Lưu, để họ làm hồ sơ gửi cho Đặng Việt Hùng. Hai bên thỏa thuận sẽ trích chi phí chạy dự án là 35%.
Hồ sơ làm xong Hùng đưa cho Lê Hoài Nam và Nam đã gửi qua đường bưu điện đến Đại sứ quán Australia. Tổng vốn dự án mà xã Phù Lưu xin là 951 triệu đồng, trong đó phía tài trợ cho 809 triệu đồng, phần còn lại do dân địa phương góp vào làm vốn đối ứng.
Tháng 3/2005, Đại sứ quán Australia đã chuyển khoản tiền là 809.209.600 đồng về cho cán bộ xã Phù Lưu. Khi nhận tiền về lãnh đạo xã Phù Lưu thống nhất kế hoạch chi 35% theo thỏa thuận là 280 triệu đồng cộng với thưởng thêm 20 triệu cho người chạy dự án, tổng số là 300 triệu đồng đưa cho Đặng Việt Hùng.
Số tiền còn lại trên 500 triệu theo dự án là làm kênh mương ở Đồng Cận nhưng khi Đại sứ quán Australia về kiểm tra thì địa phương này không hề làm một mét kênh mương nào nhưng vẫn có hồ sơ do Lê Xuân Hải, Phó Giám đốc Cty TNHH Phú Trường có trụ sở tại thị xã Hà Tĩnh làm giả hồ sơ hợp thức hóa nói là làm đường giao thông liên thôn để thanh quyết toán.
Phía xã Phù Lưu phải trả công cho bộ hồ sơ khống này là 20 triệu đồng nhưng Lê Xuân Hải mới nhận có 10 triệu thì sự việc bị bại lộ. Những kẻ trót nhận khoản tiền phi pháp này đã mang nộp lại cho xã Phù Lưu.
Đặng Việt Hùng khai đã chuyển 300 triệu đồng tiền phần trăm chạy dự án cho Lê Hoài Nam. Tuy nhiên, cơ quan điều tra cho rằng không có chứng cứ nào chứng minh ông Lê Hoài Nam nhận khoản tiền này.
