Sau 22 năm hoạt động, ngày 5/8/2013, Chủ tịch UBND thành phố Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk ký quyết định số 4662/QĐ-UBND về việc lập Đoàn Thanh tra, để thanh tra hoạt động tài chính đối với Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm kể từ khi thành lập trường.
Ông Nguyễn Đình Long - Hiệu trưởng Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm đã 2 lần làm đơn khiếu nại gửi Chủ tịch UBND tỉnh và UBND tỉnh đã ban hành công văn chỉ đạo UBND thành phố Buôn Ma Thuột giải quyết vụ việc đúng Luật Khiếu nại.
Tháng 4/2014, UBND thành phố ra quyết định số 2261/QĐ-UBND không công nhận khiếu nại của ông Nguyễn Đình Long đối với quyết định thanh tra tài chính Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm. Quá bức xúc, ông Long đã làm đơn gửi TAND thành phố khởi kiện hành chính đối với hai quyết định 4662/QĐ-UBND và 2261/QĐ-UBND của Chủ tịch UBND thành phố Buôn Ma Thuột. Tuy nhiên, UBND thành phố Buôn Ma Thuột lại cho rằng ông Nguyễn Đình Long không đủ tư cách pháp nhân đại diện Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm kiện hành chính 2 quyết định trên của UBND thành phố.
Tại phiên tòa sơ thẩm ngày 29/9/2015, HĐXX công nhận ông Nguyễn Đình Long là người đại diện hợp pháp cho trường để khởi kiện và tố tụng tại tòa. HĐXX tuyên quyết định thanh tra 4662 Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm của UBND thành phố Buôn Ma Thuột là chưa phù hợp, không đúng đối tượng thanh tra vì Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm là trường dân lập tự quản lý về tài chính và con người. Tuy nhiên, HĐXX không tuyên hủy quyết định 4662 vì việc thanh tra chưa tiến hành, chưa có thiệt hại về kinh tế và đến nay quyết định này không còn hiệu lực thi hành. Đối với quyết định 2261 không thuộc thẩm quyền giải quyết của tòa án nên HĐXX không xem xét.
Tuy nhiên, tại phiên phúc thẩm HĐXX cho rằng Trường Tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm hoạt động dựa trên nguồn vốn ngoài ngân sách nhà nước, tự chủ về bộ máy, con người và tài chính nên không phải cơ quan tổ chức trực thuộc UBND thành phố Buôn Ma Thuột.
Đại diện Thành đoàn Buôn Ma Thuột cũng xác nhận Thành đoàn chỉ là cơ quan tham gia thành lập, không góp vốn, việc huy động vốn xây dựng trường do ông Nguyễn Đình Long thực hiện, ông Long đủ điều kiện đại diện cho trường. Do vậy, quyết định Thanh tra trường tiểu học dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm của Chủ tịch UBND thành phố Buôn Ma là không đúng quy định, buộc tuyên hủy.
