Ngoài ông Nguyễn Hồng Trường, CQĐT Bộ Công an ra quyết định khởi tố ba bị can khác liên quan về cùng tội danh nêu trên, trong đó có ông Đinh La Thăng - nguyên Bộ trưởng Bộ GTVT, ông Nguyễn Chí Thành - Quyền Vụ trưởng Vụ tài chính-Bộ GTVT.
Vào tháng 9/2019, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã ký quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Trước đó, ông Nguyễn Hồng Trường cũng đã bị Ban Bí thư kỷ luật bằng hình thức cách chức ủy viên Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016, 2016 - 2021.
Lý do khiến ông Trường bị kỷ luật là trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự Đảng, Thứ trưởng, Trưởng Ban Chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ GTVT, ông cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ GTVT.
Ông Trường cũng phải chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ GTVT.
