Khi Sơn nhận giao ca chạy tàu từ Đồng Hới, theo lịch trình đã bị chậm 16 phút. Đoạn đường sắt các tỉnh miền Trung quá nhiều đường dân sinh, nhiều ô tô, phương tiện cơ giới qua lại bất thường, gây tâm lý căng thẳng cho lái tàu.
Bị cáo Sơn cho rằng, đầu máy D19E909 mặc dù hiện đại nhất hiện nay nhưng không phù hợp vì dài và nặng hơn gấp đôi các toa khác, nên khi gặp đường cong, lực ly tâm không đồng đều dẫn đến các toa khách dễ trật ra khỏi đường ray.
Những đại diện của người bị hại tỏ thái độ chưa đồng tình trước trách nhiệm của các cá nhân và tập thể liên quan thuộc ngành ĐS. Khi nghe ông Trần Đức Giao - TGĐ TCty vận tải hành khách Hà Nội, đại diện cho TCty ĐSVN - trả lời thẩm vấn trước toà rằng, ông không hề nắm rõ trên tàu E1 bị nạn có bao nhiêu nhân viên, bao nhiêu toa..., các đại diện hợp pháp người bị hại tỏ ra rất bức xúc và bất bình về phương thức quản lý chạy tàu lỏng lẻo này.
