Theo TTCP đánh giá, quá trình thực hiện đầu tư dự án, chủ đầu tư không xây dựng phương án đền bù, hỗ trợ giải phóng mặt bằng; số tiền đền bù cho hai công ty thuộc diện di dời không đảm bảo đầy đủ cơ sở pháp lý. Bên cạnh đó, TTCP xác định Tổng dự toán và dự toán công trình được duyệt có một số khối lượng dự toán xây lắp chưa chính xác so với hồ sơ thiết kế. Quá trình triển khai thực hiện dự án có 6 gói thầu chỉ định thầu nhưng Ban QLDA không có hồ sơ yêu cầu, không có hồ sơ đề xuất của nhà thầu dẫn đến không đảm bảo tính cạnh tranh và mục đích đấu thầu.
Công tác thi công, xây lắp, mua sắm và lắp đặt thiết bị xây lắp cũng còn xảy ra tồn tại như: để 2 nhà thầu thi công gói thầu số 2 và 3 sắp xếp 20% nhu cầu nhân lực, không đảm bảo tiến độ theo cam kết hợp đồng...Ngoài ra, việc bố trí nguồn vốn chưa kịp thời dẫn đến dự án bị tăng chi phí, chậm tiến độ thi công, kéo dài từ năm 2003 đến nay, trong khi phải hoàn thành từ năm 2007.
