Các bị cáo gồm: Nguyễn Viết Hoa (nguyên Trưởng phòng Kinh doanh XNK Vinapco), Lê Anh Văn (nguyên Giám đốc XN Thương mại Dầu khí hàng không miền Nam), Lê Mạnh Hà (nguyên Trưởng phòng Kế toán tài chính Vinapco), Lê Tuấn Long (Giám đốc Cty TNHH Bảo Anh), Lương Văn Hưng (nguyên Trưởng ban Kinh doanh Vinapco), Đoàn Minh Phương (nguyên Phó phòng Kế toán tài chính Vinapco), Đỗ Đình Tư (nguyên Trưởng ban Tài chính Vinapco), Trần Mạnh Dũng (nguyên Trưởng ban Đầu tư phát triển vốn Vinapco), Đỗ Sỹ Huấn (Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc Cty Cổ phần Nam Vinh), Bùi Văn Bình (nguyên Trưởng phòng Kế hoạch kinh doanh, XN Thương mại dầu khí hàng không miền Nam) và Trần Đình Châu (Chủ nhiệm HTX Vận tải Mê Kông).
Theo cáo trạng, từ năm 1996 đến năm 2003, thực hiện hợp đồng chuyển tải 1,64 tỷ lít dầu DO của Vinapco từ mạn tầu lên kho, Lê Tuấn Long đã câu kết với các bị can chia chác gần 20 tỷ đồng tiền cước phí vận chuyển khống, tiền thanh toán tỷ lệ hao hụt...
Tương tự, từ tháng 1-2003 đến 10-2004, XN Thương mại Dầu khí hàng không miền Nam thuê Cty Cổ phần dầu khí Đông Xuyên tiếp nhận, bảo quản, chuyển tải dầu JA1 từ tầu tải lên kho bồn Đông Xuyên. Cty Đông Xuyên thuê lại HTX Mê Kông chuyển tải hơn 405 triệu lít dầu.
Trong số này, có 178,6 triệu lít dầu được giao thẳng, không chuyển lên kho nhưng Vinapco vẫn thanh toán khống cho Cty Đông Xuyên hơn 9,5 tỷ đồng.
Liên quan vụ án, cơ quan điều tra xác định bị can Trần Minh, nguyên Giám đốc Vinapco, có vai trò chính quyết định cho thanh toán tỷ lệ hao hụt dầu trái quy định, quyết định cho Lê Tuấn Long ký hợp đồng chuyển tải dầu và chấp thuận tỷ lệ ăn chia do Long đưa ra.
Tuy nhiên, sau khi bị khởi tố, ông Minh mắc bệnh hoang tưởng, được Viện Giám định pháp y tâm thần T.Ư kết luận không đủ nhận thức tham gia tố tụng. Vì vậy, Viện KSNDTC đình chỉ điều tra bị can đối với ông Minh, đề nghị tòa án áp dụng biện pháp chữa bệnh bắt buộc đối với bị can này.
