Theo TTCP, Vinataba Thăng Long chưa kịp thời điều chỉnh giá bán thuốc lá Thăng Long đối với các nhà phân phối cấp 1, cửa hàng giới thiệu sản phẩm để chênh lệch lớn trong thời gian dài giữa giá tiêu thụ trên thị trường và giá bán của Cty, làm giảm hiệu quả kinh doanh trong năm 2010 và 2011. Bên cạnh đó, Cty này chưa nộp số tiền hơn 58 tỷ đồng (phần lợi nhuận chia theo vốn chủ sở hữu) về Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp, yêu cầu Cty phải nộp theo quy định.
Ngoài ra, TTCP xác định Vinataba Thăng Long chưa thực hiện được mục tiêu di dời nhà máy, cơ sở độc hại ra khỏi nội đô theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng để dự án chậm tiến độ 15 tháng (tính đến thời điểm tháng 12/2012); chưa chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại 235 Nguyễn Trãi (quận Thanh Xuân, Hà Nội) để đầu tư dự án, không tổ chức đấu giá theo quy định mà mới ký hợp đồng hợp tác đầu tư với 5 Cty cổ phần để xây dựng tổ hợp Văn phòng Trung tâm thương mại dịch vụ nhà ở.
Theo đó, TTCP yêu cầu Vinataba Thăng Long tổ chức đấu giá quyền sử dụng khu đất trên để tạo nguồn vốn dự án; xem xét xử lý trách nhiệm đối với cán bộ vi phạm để dự án phải dừng thi công trong thời gian dài, làm phát sinh chi phí đầu tư.
Đoàn thanh tra cũng cho rằng Bộ Tài chính có phần trách nhiệm khi chưa hướng dẫn cách xác định giá bán bình quân của cơ sở kinh doanh thương mại làm cơ sở truy thu thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB); chưa xác định giá tính thuế TTĐB khi có sự chênh lệch hơn 10% giữa giá bán bình quân và giá của Nhà sản xuất dẫn đến việc chưa thu đúng, thu đủ loại thuế này (Cty TNHH TM Đức Huy và Cty Vạn Thuận Phát bán bình quân vượt 10% so với giá Cty, dẫn đến phải truy thu thuế TTĐB hơn 487 triệu đồng).
Đồng thời chưa kịp thời xử lý vi phạm trong việc sử dụng hóa đơn GTGT của nhà phân phối. Điển hình, TTCP phát hiện doanh nghiệp tư nhân Bình An, Cty cổ phần Đông A xuất hóa đơn GTGT cho hai cửa hàng tạp hóa, hộ kinh doanh, trong khi cả hai đã ngừng hoạt động… có dấu hiệu của việc lập khống hóa đơn.
