Năm 2015 các cơ quan chức năng đã phát hiện và xử lý nhiều vụ vi phạm liên quan đến sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng giả, kém chất lượng, điển hình như vụ thu giữ 20 tấn thực phẩm chức năng giả, có nhiều thành phần không đúng như doanh nghiệp công bố tại thành phố Hà Nội và thu giữ 12 tấn thực phẩm chức năng giả, không rõ nguồn gốc xuất xứ tại TP HCM. Phần lớn các hàng giả, kém chất lượng được nhập từ Trung Quốc qua đường tiểu ngạch. Về đến Việt Nam được các cơ sở thay bao bì, nhãn mác, nguồn gốc xuất xứ và mang đi tiêu thụ. Những sản phẩm giả này được bán ra thị trường với giá cao hơn hàng thật. Ngoài ra có nhiều trường hợp sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng không đúng chất lượng đã công bố; quảng cáo thực phẩm chức năng sai sự thật, cường điệu hóa công dụng của sản phẩm; sản xuất thực phẩm chức năng không đảm bảo vệ sinh.
Trước thực trạng báo động về chất lượng thực phẩm chức năng, Bộ Y tế đang soạn thảo hồ sơ đề nghị xây dựng Nghị định quy định điều kiện sản xuất, kinh doanh, công bố, quảng cáo và ghi nhãn thực phẩm bảo vệ sức khỏe (thực phẩm chức năng) nhằm quản lý hiệu quả sản phẩm này.
Bộ Y tế cho biết, thực phẩm chức năng là một ngành công nghiệp đang phát triển nhanh tại Việt Nam. Số sản phẩm mới xuất hiện trên thị trường tăng nhanh theo từng năm. Năm 2014 có 1.062 sản phẩm mới đăng ký, năm 2015 có 10.493 sản phẩm mới đăng ký, thì 9 tháng đầu năm 2016 đã có 8.008 sản phẩm mới đăng ký trong đó có 4.855 sản phẩm sản xuất trong nước (chiếm 60,6%) và 3.153 sản phẩm nhập khẩu (chiếm 39,4%). Hiện cả nước có gần 4.000 doanh nghiệp sản xuất và nhập khẩu thực phẩm chức năng, trong đó có 837 cơ sở sản xuất trong nước với hơn 20.000 sản phẩm đã được công bố. Các sản phẩm cũng hết sức đa dạng, thành phần cấu tạo hết sức phức tạp. 60 - 65% thực phẩm chức năng được sản xuất trong nước, còn lại là nhập khẩu. Hiện tại số người sử dụng thực phẩm chức năng ở Hà Nội là khoảng 63% người trưởng thành, tại TPHCM khoảng 43% người trưởng thành.
