Bộ trưởng GD&ĐT Nguyễn Minh Hiển làm Trưởng ban chỉ đạo.
Các Phó trưởng ban gồm Thứ trưởng GD&ĐT Trần Văn Nhung; Phó Chủ nhiệm UBTDTT Nguyễn Trọng Hỷ; Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội Ngô Thị Thanh Hằng.
Ban chỉ đạo quốc gia có nhiệm vụ: Chỉ đạo xây dựng và triển khai thực hiện Đề án chuẩn bị và tổ chức Đại hội; Hướng dẫn, kiểm tra và đôn đốc các Bộ ngành, UBND TP và các tổ chức có liên quan thực hiện kế hoạch chuẩn bị và tổ chức Đại hội; Giải quyết những vướng mắc nảy sinh trong quá trình triển khai; Thành lập Ban Tổ chức làm nhiệm vụ giúp việc Ban Chỉ đạo; phê duyệt Quy chế làm việc của Ban Tổ chức.
Ban Chỉ đạo quốc gia chuẩn bị và tổ chức Đại hội Thể dục Thể thao sinh viên Đông Nam Á lần thứ XIII-2006 tại Hà Nội được sử dụng con dấu của Bộ GD&ĐT.
Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo được phân bổ trong tổng kinh phí chi cho đăng cai tổ chức Đại hội Thể dục Thể thao sinh viên Đông Nam Á lần thứ XIII-2006.
