Những tồn tại phổ biến được Cục xuất bản đánh giá ở các lĩnh vực như: Tình trạng phát hành một số xuất bản phẩm không rõ nguồn gốc, tăng chiết khấu, giảm giá sách một cách bất hợp lý, phá giá thị trường, đặc biệt ở địa bàn Hà Nội, trở thành “hội chứng” giảm giá sách tràn lan tiếp tục lan rộng tới các tỉnh thành, tiếp tay cho in lậu, nối bản...
Hệ thống phát hành sách (PHS) phân bổ không đều, chỉ tập trung ở các trung tâm thành phố, thị xã. Các hiệu sách cấp huyện, vùng sâu vùng xa chưa được quan tâm.
Nhiều địa phương thiếu sự quan tâm đến hoạt động PHS, vẫn coi nó như là một loại hình kinh doanh thông thường...
Cục Xuất bản đã đưa ra 16 nhiệm vụ trọng tâm đối với cơ quan quản lý Nhà nước cũng như các đơn vị phát hành sách trong cả nước nhằm thực hiện tốt công tác phát hành xuất bản phẩm năm 2007.