Theo Quyết định, Kế hoạch được chia thành 2 giai đoạn. Giai đoạn I từ năm 2009 - 2012, thực hiện đầu tư khoảng 3.200 tỷ đồng bằng nguồn vốn đầu tư hỗ trợ mục tiêu từ ngân sách trung ương trong cân đối ngân sách hàng năm để đầu tư xây dựng trụ sở xã chưa có trụ sở, trụ sở xã không bảo đảm tiêu chuẩn tại các xã đặc biệt khó khăn, vùng miền núi, vùng sâu, vùng xa.
Việc lựa chọn các xã thực hiện trong giai đoạn này sẽ giao cho UBND các địa phương quyết định. Giai đoạn II từ năm 2012- 2015, đầu tư 5.200 tỷ đồng để xây dựng trụ sở các xã còn lại từ nguồn trái phiếu Chính phủ hoặc nguồn vốn đầu tư hỗ trợ mục tiêu từ ngân sách trung ương.
Số vốn trên sẽ được ưu tiên cho các dự án đầu tư xây dựng mới trụ sở các xã chưa có trụ sở, ưu tiên các xã mới thành lập, mới chia tách; cải tạo, nâng cấp các trụ sở xã hiện có bị xuống cấp nghiêm trọng, không an toàn cho người sử dụng; mở rộng các trụ sở xã có diện tích dưới 70% so với tiêu chuẩn, định mức quy định về sử dụng trụ sở làm việc.
