Theo báo cáo, trong suốt một thập kỷ qua, sở và các đơn vị trực thuộc đã kiểm tra việc thực hiện các quy định về công khai, minh bạch tại 1.800 khoa phòng và phát hiện 10 trường hợp sai phạm. Kiểm tra việc thực hiện các quy tắc ứng xử của cán bộ, công chức tại 2.262 khoa phòng, phát hiện 70 trường hợp vi phạm. Ngoài ra, qua 1.690 cuộc kiểm tra chỉ phát hiện 1 vụ vi phạm về chế độ, định mức tiêu chuẩn tại Bệnh viện An Bình. Bệnh viện đã xử lý 2 cá nhân liên quan và thu hồi số tiền sai phạm 500 nghìn đồng.
Công tác kiểm tra hằng năm cũng phát hiện vài sai phạm. Năm 2013, thanh tra toàn diện hoạt động Bệnh viện Bình Dân và thu hồi nộp ngân sách nhà nước tổng số tiền sai phạm gần 2,8 tỷ đồng.
Cùng năm, tổ kiểm tra phát hiện Bệnh viện Nhi đồng 1 có dấu hiệu tham nhũng liên quan đến 2 cá nhân, số tiền “có dấu hiệu tham nhũng” khoảng 296 triệu đồng. Năm 2014, phát hiện ông Lê Mạnh Hùng, nhân viên Bệnh viện Nhân dân 115 tham ô tiền viện phí 179,5 triệu đồng.
