Theo đó, lãnh đạo Bộ GTVT nghiêm khắc phê bình Vụ Kế hoạch đầu tư, Cục Quản lý xây dựng và chất lượng công trình giao thông đối với các tồn tại của dự án, đặc biệt là việc để tăng tổng mức đầu tư và chậm trễ triển khai thực hiện ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Bộ GTVT.
Lãnh đạo TCty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), Ban Quản lý dự án trong quá trình thực hiện dự án cũng chịu hình thức phê bình. Đồng thời, VEC phải khẩn trương tiến hành kiểm điểm các tổ chức, cá nhân có liên quan trực tiếp đến những sai sót.
Tổng công ty Tư vấn thiết kế GTVT (TEDI) và các nhà thầu phụ bị cảnh cáo vì có liên quan về trách nhiệm đối với nhiều nội dung tồn tại của dự án và cũng là một trong những nguyên nhân làm tăng tổng mức đầu tư các dự án. Trừ điểm trong danh sách xếp hạng đối với đơn vị tư vấn thiết kế (TCTy Tư vấn thiết kế giao thông vận tải và các đơn vị thầu phụ), Tư vấn giám sát (Công ty QCI – Cộng hòa Cu Ba), các đơn vị thi công (Cienco1, TCty xây dựng Trường Sơn, Vinaconex, Công ty Phương Thành, Công ty CTCP TĐXD Thăng Long, Công ty CTCP 479, Công ty TNHH MTV Xây dựng cầu 75, Cienco4, Cienco5, Cienco6, Cienco 8, Công ty Vạn Cường và các đơn vị thầu phụ).
Bên cạnh đó, Bộ GTVT cấm không cho Cty QCI- Cộng hòa Cu Ba và đơn vị thí nghiệm (thuộc Công ty TNHH Tư vấn công nghệ thiết bị và kiểm định xây dựng, Công ty TNHH xây dựng công trình giao thông 481) tham gia các dự án do VEC làm chủ đầu tư trong thời gian 2 năm. 10 kỹ sư tư vấn Cu Ba không được tiếp tục quay lại làm giám sát công trình giao thông ở Việt Nam.
Đối với các vị trí lún tại đầu cầu, cống, vị trí có khả năng hoặc đã xuất hiện vệt hằn bánh xe, Bộ này yêu cầu ban quản lý dự án, nhà thầu tiến hành rà soát kỹ và khắc phục bằng cách rải bổ sung lớp bê tông nhựa hạt mịn, đảm bảo giao thông êm thuận. Kinh phí khắc phục do nhà thầu chi trả.
Đối với các vị trí có tổng chiều dày kết cấu áo đường không đảm bảo, yêu cầu VEC giảm trừ với khối lượng tương ứng. Bộ GTVT giao VEC nghiên cứu, xem xét yêu cầu kéo dài thời gian bảo hành công trình đối với các gói thầu thi công có khiếm khuyết.
Về xử lý kinh tế, giảm trừ giá trị thanh toán hạng mục bê tông nhựa chưa đảm bảo chiều dày thiết kế tại gói thầu với diện tích phải xử lý là 11.117 m2 tương ứng với số tiền 998,7 triệu đồng; giảm trừ 50% chi phí lập tổng mức đầu tư điều chỉnh của dự án (khoảng 1 tỷ đồng) của TEDI. Thu hồi chi phí giám sát của Công ty QCI với giá trị hơn 106 triệu đồng.
Trước đó, ngày 16/1/2014, Kiểm toán Nhà nước có thông báo kết quả kiểm toán Dự án Xây dựng đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình (giai đoạn 1). Một trong những vấn đề được đề cập trong thông báo này là việc điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư 2,5 lần (khoảng 5.000 tỷ đồng).
Sau đó, trong cuộc họp Chính phủ vào ngày 1/4, Bộ trưởng GTVT Đinh La Thăng chê việc Kiêm toán nhà nước lấy mốc lập dự án 1999 để so với mức giá lúc thi công 2007 là “phản cảm”. Tuy nhiên, tiếp thu ý kiến của Kiểm toán Nhà nước, Bộ GTVT vẫn yêu cầu các đơn vị kiểm điểm.
