Theo báo cáo này dự án đường Hồ Chí Minh khởi công (5/4/2000) đến khi hoàn thành giai đoạn 1, đoạn Thạch Quảng (Thanh Hóa) đến Ngọc Hồi (Kon Tum), phải thay đổi thiết kế nhiều lần. Công tác khảo sát địa chất, địa hình, địa chất thủy văn cũng như giải pháp thiết kế tuyến đường của tư vấn còn những thiếu sót, bất hợp lý dẫn tới nhiều đoạn phải thiết kế lại, thay đổi giải pháp thiết kế làm chậm tiến độ và tăng chi phí đầu tư.
Một hiện tượng khá phổ biến là tình trạng sụt trượt ta-luy trên đường Hồ Chí Minh. Thống kê, có 818 điểm sụt trượt phát sinh, trong đó một số điểm sụt trượt cần nhiều thời gian và kinh phí để khắc phục như các điểm sụt trượt tại dốc Đá Đẽo, dốc Sa Mù, một số điểm sụt trượt ở nhánh Tây....
Phương án thiết kế tuyến, thiết kế công trình ở một số đoạn (như ở dốc Đá Đẽo...) cũng là nguyên nhân dẫn tới sụt trượt ta luy. Những tồn tại trên đã dẫn tới việc chủ đầu tư phải trình Thủ tướng bổ sung hạng mục “bền vững hóa” để khắc phục.
Hội đồng cũng cho rằng một số giải pháp thiết kế nền mặt đường chưa phù hợp với tiêu chuẩn kỹ thuật hay giải pháp thiết kế toàn tuyến đường thiếu đồng bộ, không có thiết kế các hạng mục phụ trợ, cơ sở dịch vụ (hệ thống cung cấp xăng dầu, sửa chữa phương tiện, các điểm dừng đỗ...), ảnh hưởng đến việc phát huy hiệu quả của tuyến đường.
Việc quy hoạch và xây dựng các đường ngang nối với mạng lưới quốc lộ hiện hữu, nhất là quốc lộ 1 và quy hoạch mạng lưới đường gom, đường ngang dân sinh nối với đường Hồ Chí Minh triển khai chậm trễ, làm giảm hiệu quả khai thác của tuyến đường.
HĐNTCNN yêu cầu cần tăng cường kiểm tra, giám sát việc khảo sát, thẩm tra thiết kế, năng lực của tổ chức, cá nhân làm công tác tư vấn khảo sát thiết kế để giảm thiểu các sai sót.
Đặc biệt, HĐNTCNN kiến nghị cần tuyệt đối tránh lặp lại việc xây dựng công trình xong lại phải bổ sung hạng mục “bền vững hoá” một cách tràn lan, đây là một tiền lệ xấu trong đầu tư xây dựng công trình.
Đối với các hồ sơ thiết kế chất lượng kém, cần làm rõ trách nhiệm của các tổ chức tư vấn và các cá nhân thực hiện theo các quy định hiện hành của Nhà nước.
