Ban cán sự Đảng Bộ GTVT cũng thống nhất phân công Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông kiêm phụ trách HĐTV Tổng Cty Đường sắt Việt Nam kể từ ngày 16/12/2016 cho đến khi có nhân sự mới.
Bộ GTVT cũng yêu cầu Hội đồng thành viên, Ban Thường vụ Đảng Tổng Cty Đường sắt Việt Nam họp, thống nhất về việc miễn nhiệm chức vụ Chủ tịch HĐTV đối với ông Thành.
Tháng 4/2013, ông Thành từ vị trí Vụ trưởng Vụ Vận tải (Bộ GTVT) được bổ nhiệm làm Chủ tịch HĐTV Tổng Cty Đường sắt Việt Nam.
Trong thời kỳ ông Thành làm Chủ tịch, việc tái cơ cấu, cổ phần hóa đường sắt diễn ra trên diện rộng. Tuy nhiên, thời kỳ này cũng xảy nhiều vấn đề khiến dư luận bức xúc như, xúc tiến mua 106 toa tàu cũ của Trung Quốc trái chủ trương của Chính phủ. Bản thân ông Thành từng tuyên bố: Nếu không đổi mới được ngành đường sắt, sẽ xin từ chức.
Bộ GTVT đã thực hiện quy trình điều động ông Trần Ngọc Thành giữ chức vụ khác và điều động, bổ nhiệm cán bộ khác thay ông Thành.
Tuy nhiên, trong khi thực hiện quy trình chuẩn bị nhân sự mới, ông Thành có đơn xin từ chức và nghỉ chế độ.
Ông Thành sinh năm 1960, năm nay 56 tuổi. Như vậy, ông sẽ nghỉ hưu sớm khoảng 4 năm.
