Tháng 9/2015, ông Phạm Phú Quốc được UBND TPHCM bổ nhiệm giữ chức vụ thành viên không chuyên trách Hội đồng thành viên kiêm Tổng giám đốc Công ty Đầu tư Tài chính Nhà nước TPHCM (HFIC) với thời hạn 5 năm.
Ông Quốc đồng thời là Phó bí thư Đảng ủy HFIC. Tháng 5/2016, ông Phạm Phú Quốc trúng cử đại biểu Quốc hội khóa 14 nhiệm kì 2016-2021 ở đơn vị bầu cử số 4 TPHCM (gồm quận 5, quận 10 và quận 11) với tỷ lệ 53,94%, khi ông Quốc đang là Phó bí thư Đảng ủy, Tổng giám đốc HFIC. Tuy nhiên, ngày 18/1/2018, ông Quốc được điều chuyển về làm Phó viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM.
Ngày 28/9/2018, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TPHCM công bố quyết định thi hành kỷ luật đối với một số cán bộ của Cty HIFC. Theo đó, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy xác định ông Phạm Phú Quốc cùng 3 ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy HIFC đã vi phạm đến mức phải thi hành kỷ luật bằng hình thức khiển trách.
Cụ thể, Ban Thường vụ Đảng ủy HIFC nhiệm kỳ 2015-2020 và các cá nhân có liên quan đã có những khuyết điểm, vi phạm trong việc lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị; nhiệm vụ sản xuất kinh doanh; công tác cán bộ; công tác kiểm tra, giám sát; công tác quản lý đảng viên đi nước ngoài; đoàn kết nội bộ bị giảm sút. Qua kiểm tra có 5 trong số 7 đồng chí Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Công ty HFIC nhiệm kỳ 2015-2020 có vi phạm đến mức phải thi hành kỷ luật.
Căn cứ các quy định của Đảng về xử lý kỷ luật tổ chức đảng và đảng viên vi phạm, Ban Thường vụ Thành ủy TPHCM đã quyết định thi hành kỷ luật khiển trách đối với Ban Thường vụ Đảng ủy HFIC nhiệm kỳ 2015-2020.
Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TPHCM cũng thi hành hình thức khiển trách đối với 4 đảng viên Công ty HFIC, trong đó có ông Phạm Phú Quốc khi giữ chức Phó bí thư Đảng ủy, Tổng giám đốc HFIC. Tuy nhiên, tháng 12/2019, ông Quốc được điều động làm Tổng giám đốc Cty TNHH MTV Phát triển Công nghiệp Tân Thuận (IPC) trong 5 năm.
