Theo ông Mai Văn Chính, Phó trưởng Ban Tổ chức T.Ư, trong 30 năm đổi mới, mô hình tổ chức và phương thức hoạt động của MTTQ Việt Nam, bên cạnh những thành tích, ưu điểm còn bộc lộ nhiều hạn chế, yếu kém, bất cập: cơ cấu tổ chức, bộ máy còn cồng kềnh, bất hợp lý, kém hiệu quả, trên một số lĩnh vực chức năng, nhiệm vụ chưa được tách bạch rõ ràng. Do đó, cần tiếp tục đổi mới, hoàn thiện mô hình tổ chức và các phương thức hoạt động cho phù hợp với nhiệm vụ chính trị giai đoạn mới…
Phương án 1: Giữ nguyên mô hình tổ chức hoạt động của MTTQ Việt Nam và các đoàn thể chính trị - xã hội hiện nay, tuy nhiên có lộ trình từng bước thực hiện cơ chế tự chủ về tài chính và tổ chức, Nhà nước có giao kinh phí căn cứ vào nhiệm vụ thực hiện.
Phương án 2: Nhất thể hóa chức danh Chủ tịch MTTQ và các đoàn thể chính trị - xã hội và thành lập cơ quan chuyên trách tham mưu, giúp việc chung cho MTTQ và các đoàn thể chính trị - xã hội. Trước mắt thực hiện ở cấp tỉnh, cấp huyện, với tên gọi thống nhất là "Khối Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị - xã hội" trên cơ sở cơ cấu lại cơ quan tham mưu, giúp việc của Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị - xã hội hiện nay.
Phương án 3: Hợp nhất 5 đoàn thể chính trị - xã hội thành các ban của MTTQ Việt Nam, trước mắt thực hiện thí điểm ở cấp huyện và xã. Năm tổ chức chính trị xã hội được đề xuất, gồm: Hội Phụ nữ, Đoàn Thanh niên, Liên đoàn lao động, Hội Nông dân, Hội Cựu chiến binh.
Phương án 4: Hợp nhất Ban Dân vận và MTTQ Việt Nam.