Tuy nhiên, bên cạnh đó, nhiều chỉ tiêu chuyên môn y tế đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt giai đoạn 2011-2015 vẫn chưa hoàn thành. Đến nay, chỉ có 85% số bệnh nhân phong được săn sóc tàn tật, trong khi chỉ tiêu là 100%.
Tương tự, khống chế tỷ lệ lây truyền lao kháng thuốc, tăng tỷ lệ tiếp cận với điều trị lao đa kháng thuốc chỉ 30%, kế hoạch là 55%. Hiện chỉ có hơn 52% tỉnh thành phố thuộc Trung ương có mô hình chợ bảo đảm an toàn thực phẩm, trong khi chỉ tiêu là 100%.
Ngoài ra, trong chỉ tiêu đưa ra tỷ lệ bệnh nhân ung thư được phát hiện sớm nhằm giảm tỉ lệ tử vong của một số loại ung thư: vú, cổ tử cung, miệng, đại trực tràng phải đạt từ 5% đến 10% nhưng kết quả chỉ đạt chưa đầy 5%...