Liên quan đến nhiệm kỳ Tổng Kiểm toán Nhà nước (KTNN), qua thảo luận trước đó, đại biểu Quốc hội (ĐBQH) có 2 luồng ý kiến: Nhiệm kỳ Tổng KTNN 5 năm và 7 năm. Uỷ ban Thường vụ Quốc hội cho biết, sau khi xin ý kiến, 79,23% ĐBQH đã đồng ý với phương án 5 năm cho nhiệm kỳ Tổng KTNN. Ngoài ra, Tổng KTNN có thể được bầu lại nhưng không quá hai nhiệm kỳ.
Bên cạnh đó, một số ý kiến cũng đề nghị, những doanh nghiệp nhà nước nắm giữ từ 50% vốn điều lệ trở xuống nên để cho kiểm toán độc lập kiểm toán, khi thấy cần thiết Kiểm toán nhà nước chỉ thẩm tra kết quả kiểm toán của tổ chức kiểm toán độc lập.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, về nguyên tắc, ở đâu có tài chính công, tài sản công là phải được kiểm toán theo quy định tại khoản 2 Điều 118 của Hiến pháp, không phân biệt đối tượng quản lý, sử dụng.
Tuy nhiên, để phù hợp với năng lực của KTNN hiện nay và tình hình quản lý doanh nghiệp nói chung trong nền kinh tế, đồng thời tiếp thu ý kiến ĐBQH, dự thảo Luật kiểm toán Nhà nước (sửa đổi) quy định: đối với doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ vẫn kiểm toán toàn diện như Luật hiện hành; đối với doanh nghiệp mà Nhà nước nắm giữ từ 50% vốn điều lệ trở xuống, giao cho Tổng KTNN trong trường hợp cần thiết thì quyết định lựa chọn mục tiêu, tiêu chí, nội dung và phương pháp kiểm toán phù hợp.
Cũng có ý kiến đề nghị, cần quy định KTNN có trách nhiệm liên đới khi cơ quan thanh tra, điều tra phát hiện sai phạm tại các đơn vị được kiểm toán mà trước đó KTNN đã thực hiện kiểm toán nhưng không phát hiện được những sai phạm này.
Tuy nhiên, Ủy ban Thường vụ Quốc hội không đồng tình với đề nghị này. Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, giữa các cơ quan thanh tra, điều tra và KTNN có sự khác biệt về mục đích hoạt động, phương pháp, trình độ nghiệp vụ và phạm vi hoạt động. Trong thực tế, KTNN cũng như cơ quan thanh tra, điều tra vì lý do khách quan có thể không phát hiện ra được hết các sai phạm. Nếu Luật quy định cứng trách nhiệm liên đới của KTNN đối với các sai phạm do không phát hiện ra tại các đơn vị thì chưa thật hợp lý.
