Cụ thể, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) cho rằng, việc phê duyệt chủ trương đầu tư chưa đủ thủ tục tại 19/33 dự án thuộc chuyên đề việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư xây dựng cơ bản giai đoạn 2015-2017 trên địa bàn các huyện miền núi của tỉnh Thanh Hóa.
Bên cạnh đó còn tình trạng chưa xác định rõ nguồn vốn và khả năng cân đối vốn như một số dự án tại tỉnh Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bạc Liêu, Hải Dương; tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu có 10 dự án, Thành phố Quy Nhơn, Bình Định 3 dự án phê duyệt không đúng thẩm quyền.
Bên cạnh đó, KTNN cũng chỉ rõ tình trạng phê duyệt dự án khi chưa đủ thủ tục, điển hình như dự án đường cơ động phía Bắc đảo Phú Quốc; dự án đường ven biển Dung Quất - Sa Huỳnh; chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường, tỉnh Bình Định 3 dự án, Nam Định 2 dự án, Kiên Giang 1 dự án, Sóc Trăng 1 dự án.
Thậm chí không ít dự án còn sai quy hoạch được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, như Khu du lịch sinh thái và dân cư Rạch Tràm được UBND tỉnh Kiên Giang phê duyệt vượt 67,3 ha so với Quy hoạch được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 633/QĐ-TTg. Sau đó, Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc tiếp tục phê duyệt quy hoạch chi tiết 1/500 vượt thêm 4,2 ha; hay dự án đường Nha Trang đi Đà Lạt, đoạn Nha Trang - Diên Khánh (Cao Bá Quát - Cầu Lùng) quyết định đầu tư chưa xác định rõ nguồn.
Kết luận kiểm toán cũng chỉ rõ nhiều vấn đề trong hồ sơ mời thầu dự án. Trong đó có tình trạng hồ sơ yêu cầu mời thầu chưa đầy đủ, điển hình như dự án thành phần 1 - Đoạn qua TP. Hồ Chí Minh và tỉnh Long An (Km3+004 - Km34+300) thuộc dự án đầu tư nâng cấp Quốc lộ 50; dự án Hệ thống thủy lợi Tân Mỹ, tỉnh Ninh Thuận và dự án Hệ thống thủy lợi Tà Pao, tỉnh Bình Thuận; dự án Xây dựng đường trục phát triển nối vùng kinh tế biển tỉnh Nam Định với đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.
Cùng với đó, còn nhiều dự án áp dụng hình thức lựa chọn nhà thầu sai quy định, như dự án đường Nha Trang đi Đà Lạt, đoạn Nha Trang - Diên Khánh (Cao Bá Quát - Cầu Lùng): Gói thầu 06B; dự án Đường Phong Châu, TP. Nha Trang; dự án Hệ thống thủy lợi Tân Mỹ, tỉnh Ninh Thuận; một số dự án thuộc các địa phương: TP. Đà Nẵng, tỉnh Nghệ An, Bình Định, Long An...
Đáng chú ý, theo kết luận kiểm toán, công tác nghiệm thu, thanh toán tại hầu hết các dự án còn sai sót, như: Thanh toán vượt giá trị nghiệm thu, quyết toán hoặc thanh toán khối lượng chưa thi công, sai khối lượng, đơn giá, chế độ khác... Việc tạm ứng cho nhà thầu chưa đúng quy định, như dự án Đường từ QL1A đến điểm đầu tuyến đường Đông Tây 4 đi cảng Nghi Sơn và dự án đầu tư xây dựng các tuyến giao thông trục chính phía Tây - KKT Nghi Sơn tạm ứng 655,3 tỷ đồng; hoặc chậm thu hồi như TP. Hồ Chí Minh 3.257 tỷ đồng; TP. Hà Nội 222,3 tỷ đồng; tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu 1.242 tỷ đồng…
Qua kiểm toán 2.067 dự án, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính 5.218 tỷ đồng.
