Theo Bộ TN&MT do công tác thanh tra, kiểm tra về quản lý đất đai đối với các KCN trên địa bàn TPHCM chưa được thường xuyên nên một số tồn tại trong việc quản lý, sử dụng đất chưa được xử lý kịp thời, như: còn nhiều doanh nghiệp thuê lại đất trong KCN chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (KCN Bình Chiểu còn 17/22 doanh nghiệp thuê lại đất chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, KCN Cát Lái - Cụm II còn 10/57 doanh nghiệp, KCN Đông Nam còn 10/12 doanh nghiệp, KCN Tân Phú Trung còn 12/25,...), tỷ lệ lấp đầy diện tích đất công nghiệp của một số KCN còn thấp (KCN An Hạ mới được 18%, KCN Hiệp Phước giai đoạn 2 mới chỉ đạt 7,63%, KCN Tân Phú Trung mới đạt 15%,...).
Riêng KCN Vĩnh Lộc hiện đã cho 94 doanh nghiệp thuê lại đất trong KCN với diện tích 124,50 ha, còn 19/94 doanh nghiệp thuê lại đất trong KCN chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; hiện có 13,10 ha chưa thực hiện đền bù, giải phóng mặt bằng. Đặc biệt, theo Kết luận thanh tra KCN này còn ký hợp đồng thuê đất có cả phần diện tích chưa đền bù, giải phóng mặt bằng, vi phạm quy định tại Luật Đất đai 2003.
Bên cạnh đó, chưa có sự phối hợp chặt chẽ giữa các sở, ban, ngành và UBND các quận, huyện trong công tác đền bù, giải phóng mặt bằng nên có 8 KCN vẫn còn một số diện tích chưa đền bù, bồi thường các hộ dân chưa bàn giao mặt bằng làm ảnh hưởng đến việc hoàn chỉnh hệ thống đường giao thông trong KCN. Các công ty đầu tư và kinh doanh hạ tầng KCN chưa phối hợp chặt chẽ với chính quyền địa phương, còn trông chờ, ỷ lại trong việc thực hiện công tác đền bù, giải phóng mặt bằng nên còn một số hộ dân không chịu nhận tiền đền bù, không bàn giao mặt bằng cho KCN kéo dài đã nhiều năm chưa được giải quyết.
Việc chấp hành pháp luật bảo vệ môi trường của một số công ty đầu tư và kinh doanh hạ tầng KCN chưa nghiêm nên một số KCN đã đi vào hoạt động nhưng chưa lắp đặt thiết bị quan trắc tự động một số thông số ô nhiễm đặc trưng của nước thải trước khi xả thải ra môi trường; chưa có giấy phép xả nước thải vào nguồn nước; chưa có giấy xác nhận hoàn thành các công trình, biện pháp bảo vệ môi trường theo nội dung Báo cáo đánh giá tác động môi trường.
