Theo phương án 1, quỹ sẽ được thu trực tiếp theo đầu phương tiện cơ giới, với 7 mức đối với ô tô (180.000-1.440.000 đồng/tháng), 4 mức với mô tô, xe gắn máy (80.000-150.000 đồng/năm). Số phí thu được theo phương án 1 là 5.987 tỷ đồng/năm.
Theo phương án 2, thu trực tiếp trên đầu xe ô tô, (không thu phí đối với mô tô, xe gắn máy) và thu gián tiếp qua giá xăng với mức thu 1.000 đồng/lít. Mức thu trực tiếp trên đầu ô tô sử dụng xăng như phương án 1. Mức thu trực tiếp trên đầu ô tô sử dụng diesel cao gấp 1,5 lần so với phương tiện cùng nhóm tải trọng ở phương án 1. Tổng số phí thu được là 9.117 tỷ đồng, trong đó số thu theo đầu ô tô là 6.146 tỷ đồng và thu qua giá xăng là 2.971 tỷ đồng.
Theo Bộ GTVT, nhược điểm lớn nhất của phương án 1 là việc thu phí đối với mô tô, xe gắn máy sẽ khó khăn, chi phí tổ chức thu cao, có thể thất thu. Còn phương án 2 có nhược điểm là một số đối tượng (chiếm khoảng 5%) không sử dụng đường bộ vẫn phải chịu phí qua giá xăng và việc thu phí qua giá xăng ảnh hưởng mặt bằng giá cả. Vì vậy, trong văn bản trình Thủ tướng sắp tới, Bộ GTVT sẽ nghiêng về phương án 1.
Nếu thực hiện một trong hai phương án trên và ngân sách trung ương vẫn cấp đủ, quỹ đáp ứng được 80% nhu cầu kinh phí cho bảo trì đường bộ hiện nay. Sau 2 năm, ngân sách cấp cho quỹ có thể giảm dần và sau 12 năm, ngân sách trung ương không phải cấp nữa.
