Ủy ban Quốc gia về APEC 2006 cũng chịu trách nhiệm chuẩn bị, tổ chức các hội nghị liên quan, hoạt động bên lề từ cấp thấp đến cấp cao.
Trước đó vào tháng 3/2004, Nhóm Công tác liên ngành chuyên trách đã được thành lập theo quyết định của Chính phủ và đã thực hiện được một số công việc chính để đảm bảo thành công cho sự kiện này.
Ủy ban Quốc gia về APEC 2006 do Phó Thủ tướng Vũ Khoan làm Chủ tịch; hai Phó Chủ tịch là Bộ trưởng Ngoại giao Nguyễn Dy Niên và Bộ trưởng Thương mại Trương Đình Tuyển cùng 28 ủy viên.
Ủy ban Quốc gia về APEC 2006 có nhiệm vụ tổ chức, chỉ đạo, điều hành, đôn đốc và phối hợp hoạt động của tất cả các bộ, ngành, địa phương nơi diễn ra các hoạt động, các hội nghị APEC 2006 tại Việt Nam. ủy ban Quốc gia APEC 2006 tự giải tán sau khi hoàn thành nhiệm vụ tổ chức Năm APEC 2006 tại Việt Nam.
